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Stage M1 ou M2 : Modélisation mécanistico-statistique de la récurrence pluri-annuelle de la rouille brune du blé
Référence
1571121606
Date limite pour postuler
15/12/2019
Date de publication
15/10/2019

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Stage
Durée du contrat
3 à 6 mois
Date de début de contrat
01/01/2020

Domaine professionnel
Informatique, statistiques et calcul scientifique

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UR0546 BioSP Biostatistique et Processus Spatiaux
Adresse de l'unité d'affectation
INRA Domaine Saint-Paul - Site Agroparc 228 route de l'Aérodrome CS40509 84914 AVIGNON CEDEX 9
Région de l'unite d'affectation
Provence-Alpes-Côte d'Azur

Descriptif

Environnement de travail

Objectif(s) du stage : Les objectifs de ce projet sont de comprendre et prédire la propagation de la rouille brune du blé à l’échelle régionale, à partir de données épidémiologiques et météorologiques. Ce projet repose sur l’analyse conjointe de deux jeux de données : (A) l’évolution de l’incidence de rouille brune au cours de la saison épidémique pour les années de 2008 à 2016, (B) les données climatiques journalières pour chaque parcelle du 1/8 au 31/7 de l’année de récolte. Nous proposons ici de commencer par l’extrapolation des données météorologiques à l’ensemble de la région, ceci afin de construire des prédicteurs de la pression en rouille brune. Ensuite nous modéliserons le développement de la maladie au cours de la saison épidémique et étudierons son hétérogénéité spatiale. Nous proposons d’utiliser une approche mécanistico-statistique, couplant un modèle mécaniste de propagation de la maladie à un modèle probabiliste d’observation. Les prédicteurs construits à partir des variables météorologiques seront intégrés comme covariables dans le modèle mécaniste. Ce stage sera réalisé en étroite collaboration avec Arvalis – Institut du végétal.

  

Bases de données 

Les trois bases de données sont disponibles :

1) Extrait des données Vigicultures blé tendre entre 2008 et 2016 nettoyées anonymisées et corrigées.

2) Fichier excel avec pour chaque parcelle Vigicultures : les principaux stades du blé calculé par le logiciel interne d’ARVALIS - Institut du Végétal Agrobox, les notes de sensibilités à la rouille brune des variétés, les sorties du modèle Statrouille (variables climatiques intermédiaires, sévérité climatique, sévérité agro-climatique, date alerte, date de traitement), l’indice de risque du modèle Spirouil, variables climatiques du modèle statrouille.

3) Pour la région Occitanie, les données climatiques journalières pour chaque parcelle du 1/8 au 31/7 de l’année de récolte.

 

Résultats attendus : L’objectif finalisé est de construire un modèle prédictif de propagation de la rouille brune du blé qui serait utilisé par Arvalis – Institut du végétal pour faire du conseil agricole.

 

Principales méthodes statistiques utilisées : Analyse de données, statistique bayésienne, équations aux dérivées partielles.

Formations et compétences attendues

La personne effectuant ce stage devra avoir des connaissances en analyse de données et potentiellement en statistiques bayésiennes. La maîtrise du logiciel R est nécessaire. Des notions en statistiques spatiales et en analyse de séries temporelles ainsi qu’un intérêt marqué pour les applications en agriculture ou écologie seraient un plus.

Contact

Nom
Emily WALKER
Email
emily.walker@inra.fr