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Stage : recherche d’hétérozygoties structurelles de grandes tailles chez les agrumes d’origines interspécifiques ; implications sur les ségrégations et recombinaison chez les structures hybrides (h/f)
Référence
1539249146
Date limite pour postuler
01/12/2018
Date de publication
11/10/2018

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Stage
Durée du contrat
6 mois
Date de début de contrat
01/01/2019

Rémunération
Indemnité de stage
Domaine professionnel
Expérimentation et production végétales

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR1334 AGAP Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et Tropicales
Adresse de l'unité d'affectation
INRA - Campus Supagro Montpellier 2 place Viala 34060 MONTPELLIER CEDEX 2
Région de l'unite d'affectation
Occitanie

Descriptif

Environnement de travail

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR AGAP Cirad-Inra-SupAgro Montpellier, sur le campus Lavallette du Cirad, Avenue Agropolis, Montpellier pour travailler sur l’étude des variations structurelles de grandes tailles (LSVs) chez les agrumes. L’étude des variations structurelles de grandes tailles présente un intérêt majeur pour l’amélioration des plantes cultivées. Lorsqu’elles sont à l’état hétérozygote elles affectent en effet la méiose, en perturbant les appariements chromosomiques et donc la recombinaison et les ségrégations. Les distorsions de ségrégations en résultant complexifient l’analyse de l’architecture génétique des caractères d’intérêt par analyse QTLs. Les méthodes de séquençage de nouvelle génération permettent aujourd’hui d’analyser les variations structurales de grandes tailles. Martin (2014) a développé une approche basée sur la détection de long readsdiscordants par rapport à une séquence de référence et l’analyse simultanée de données de ségrégation sur populations ségrégantes (cartographie génétique ; distorsions de ségrégation). Les agrumes cultivés résultent d’une évolution réticulée à partir de quatre taxons ancestraux (C. reticulata, C. medica, C. maxima et C. micrantha) ayant généré par hybridations interspécifiques et un nombre limité de recombinaisons interspécifiques les espèces dites secondaires (C. sinensis, C. paradisi, C. aurantium, C. lemon et C. aurantifoliaetc). Des variations de tailles de génome allant jusque 10% entre taxons ancestraux ont été révélées par cytométrie en flux (Ollitraultet al.,1994) tandis que de fréquentes hétérozygoties cytogénétiques (études debanding patternen particulier) ont été observées pour les espèces secondaires (Guerra, 1993, Carvalhoet al., 2005). L’optimisation de l’amélioration par voie sexuée des agrumes requiert une connaissance approfondie des LSVs et de leurs implications sur la recombinaison et les ségrégations.

 

Vous serez plus particulièrement en charge de :

 

-       Adapter les paramètres du pipe-line d’analyse des LSVs de Martin (2014) aux agrumes, à partir de données mate-pair, afin d’étudier l’hétérozygotie structurelle de structures hybrides interspécifiques entre les quatre taxons ancestraux des agrumes cultivés (espèces secondaires d’origine interspécifiques et hybrides récents),

-       Analyser l’impact des LSVs identifiées entre C. maxima et C. reticulata sur la recombinaison et les ségrégations chez des structures interspécifiques à partir de données GBS sur populations recombinantes.

Formations et compétences attendues

Formation recommandée : Etudiant en Master 2, Bioinformatique, Agronomie ou Biologie des Plantes

Connaissances souhaitées : en génétique et un intérêt marqué pour la bioinformatique/bioanalyse et l'analyse de gros jeux de donnée. Une bonne connaissance d'un ou plusieurs outils de programmation (e.g., R, python, perl, …) et de l'environnement Linux est souhaitable

Transmettre une lettre de motivation et un CV à Franck Curk

Contact

Nom
Franck Curk
Email
franck.curk@inra.fr