Stage M2 ou ingénieur : surveillance des populations européennes de Phytophthora infestans, agent du mildiou de la pomme de terre
Référence
1510124782
Date limite pour postuler
04/12/2017
Date de publication
08/11/2017

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Stage
Durée du contrat
6 mois
Date de début de contrat
15/01/2018

Rémunération
500 à 550€ mensuel ; accès au restaurant d’entreprise, le midi
Domaine professionnel
Biologie

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR1349 IGEPP Institut de Génétique Environnement et Protection des Plantes
Adresse de l'unité d'affectation
INRA Le Rheu - Domaine de la Motte au Vicomte - BP 35327 35653 LE RHEU CEDEX
Site web de l'unité d'affectation
https://www6.rennes.inra.fr/igepp
Région de l'unite d'affectation
Bretagne

Descriptif

Environnement de travail

Vous serez accueilli(e) au sein de

Equipe d'accueil

Résistance et Adaptation

UMR 1349 IGEPP – INRA, Agrocampus Ouest,- Université Rennes 1

Centre de Bretagne-Normandie, Domaine de la Motte, BP 35327, 35653 Le Rheu Cede

 Encadrants

Roselyne Corbière (Ingénieur d’Etudes) et Didier Andrivon (Directeur de Recherche, HDR)

 

   

Environnement de travail:

Intitulé du sujet de stage

Le pouvoir pathogène de Phytophthora infestans, agent du mildiou de la pomme de terre, dépend-il du génotype des isolats ? Conséquences pour la surveillance des populations.

Contexte scientifique et enjeux

La lutte contre le mildiou de la pomme de terre, dû à l’oomycète Phytophthora infestans, repose largement sur l’emploi massif de pesticides (IFT fongicides de 12 à 14 en moyenne en France). Le développement de méthodes intégrées de lutte, en particulier exploitant les résistances variétales, doit donc être favorisé. Il nécessite toutefois une information rapide et précise sur les caractéristiques pathologiques des populations parasites. Celles-ci étant largement clonales en Europe de l’Ouest (données Euroblight.net), on peut espérer un lien fort entre phénotype et génotype, et donc pouvoir baser cette caractérisation phénotypique sur des méthodes performantes de génotypage. L’enjeu du stage est de vérifier si la corrélation phénotype/ génotype est effectivement bonne, et peut également s’appliquer à des populations dont la structure génétique est plus diversifiée.

 

Objectif et plan de recherche

L’objectif du stage est de tester, sur des populations de P. infestans collectées dans différentes régions d’Europe (dans le cadre du projet européen IPMBlight 2.0 ; http://euroblight.net/research-projects/ipmblight20/), la capacité de prédiction de traits phénotypiques par les profils génotypiques obtenus à l’aide d’une gamme de marqueurs microsatellites. Nous nous intéresserons en particulier aux caractéristiques d’agressivité sur pomme de terre, par la mesure de différents traits de vie reconnus comme variables au sein des populations européennes de P. infestans (période de latence, taille des lésions, quantités de spores produites, taille des spores). Les isolats auront été préalablement caractérisés à l’aide d’une batterie de 17 marqueurs microsatellites polymorphes au sein des populations européennes, pour sélectionner les individus les plus pertinents pour leur phénotypage. Un traitement statistique des données obtenues permettra alors de vérifier l’existence ou non d’un lien entre profil génétique et traits du pouvoir pathogène, en fonction de l’origine génétique et géographique des populations étudiées.

 

Descriptif du stage

Ce stage, combinant approches de pathologie végétale, microbiologie et génotypage, vise à analyser les liens entre profils génétiques et traits liés au pouvoir pathogène chez l’agent du mildiou de la pomme de terre Phytophthora infestans. Ces données sont importantes pour pouvoir piloter de nouvelles stratégies de lutte, en particulier celles reposant sur la résistance variétale, contre cette maladie majeure et forte consommatrice de pesticides.

Résultats attendus

Le stage génèrera des données biologiques et génétiques importantes qui alimenteront le projet IPMBlight 2.0. Nous anticipons (sur la base de résultats antérieurs) que le niveau de prédictibilité des traits de pouvoir pathogène à partir des profils génétiques devrait être meilleur 1) pour les clones ‘récents’ que pour les clones plus anciens (par ex 6_A1 vs 13_A2), 2) pour des populations clonales que pour des populations à reproduction sexuée (de l’Europe du Nord) et 3) pour des clones ‘purs’ (profil génétique unique) que pour des lignées clonales (ensemble de variants apparentés).

Formations et compétences attendues

Formation recommandée : Niveau Bac+5 (Master 2/ Ingénieur)

Connaissances souhaitées : Santé des plantes, agro-écologie, microbiologie et biologie moléculaire de base, traitement statistique des données.

Aptitudes recherchées : Intérêt pour les expérimentations au laboratoire (mesures de traits de vie de bioagresseurs, en conditions contrôlées), organisation, curiosité, sens du relationnel, maitrise de l’anglais.

Date d’entrée en fonction : janvier ou février 2018

 

Transmettre une lettre de motivation et un CV à : Roselyne Corbière

Par e-mail :  roselyne.corbiere@inra.fr

Par courrier :  UMR IGEPP, BP35327, 35653 Le Rheu Cedex

Contact

Nom
Roselyne Corbière
Telephone
02.23.48.51.79
Email
roselyne.corbiere@inra.fr