Stage Master 2 : caractérisation de la couche muqueuse des spores de Bacillus
Référence
1508998487
Date limite pour postuler
30/11/2017
Date de publication
26/10/2017

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Stage
Durée du contrat
6 mois
Date de début de contrat
01/02/2018

Rémunération
554€ /mois
Domaine professionnel
Biologie

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR0638 UMET Unité Matériaux Et Transformations
Adresse de l'unité d'affectation
INRA Villeneuve - 369 rue Jules Guesde - BP 20039 59651 VILLENEUVE D'ASCQ CEDEX
Site web de l'unité d'affectation
http://www.npc.inra.fr/Le-centre-Les-recherches/Les-unites-du-centre/UMET-PIHM
Région de l'unite d'affectation
Nord - Pas-de-Calais Picardie

Descriptif

Environnement de travail

Description du laboratoire d’accueil

Le stage se déroulera dans l’équipe Processus aux Interfaces et Hygiène des Matériaux (PIHM) de l’UMR UMET, située à proximité de l’université Lille 1. L’équipe PIHM s’intéresse à la compréhension des phénomènes bio-adhésifs se déroulant dans le secteur agroalimentaire lors de la transformation de produits issus de l’agriculture. Les travaux menés au sein de l’équipe PIHM portent sur (i) la caractérisation des entités encrassantes (bactéries / protéines), (ii) les propriétés des matériaux affectant les interactions et (iii) la dynamique aux interfaces. La finalité de ces recherches est d’établir des stratégies préventives et curatives qui permettent d’assurer la qualité sanitaire des produits transformés tout en limitant l’empreinte écologique des cycles de transformation-nettoyage.

 

Proposition de stage

Les spores et les biofilms des bactéries du genre Bacillus sont des formes bactériennes très adhérentes qui posent des problèmes d’hygiène dans les industries agro-alimentaires. Afin de comprendre les raisons qui font de ces organismes des contaminants des surfaces, notre laboratoire a caractérisé la surface des spores de différentes espèces du genre Bacillus isolées d’installations industrielles. Cette étude a mis en évidence la présence d’une couche muqueuse à la surface des spores. Cette ultrastructure, qui n’avait pas été mise en évidence jusqu’à présent, tapisse la surface du manteau de nombreuses espèces : B. subtilis, B. pumilus, B. megaterium, B. licheniformiset B. amyloliquefaciens. Nos résultats indiquent que la couche muqueuse influence les propriétés d’adhésion en modifiant les propriétés physico-chimiques des spores et notamment leur degré d’hydrophylie. La couche muqueuse est composée de protéines ainsi que d’un matériel polysaccharidique, essentiellement constitué de glucose, N-acetylglucosamine, rhamnose, 3-O-methyl-rhamnose et de quinovose. Cependant, la structure et les voies de biosynthèse des glycanes de la couche muqueuse restent à définir.

L’objectif du stage est de poursuivre la caractérisation des glycanes par une approche génétique. Par une analyse in silico, nous avons identifié plusieurs gènes potentiellement impliqués dans la biosynthèse des glycanes. La première étape du travail sera de construire des mutants de ces gènes candidats par double recombinaison homologue avec le plasmide pMAD et / ou par recombinaison de Campbell avec le plasmide pMUTIN4. La seconde étape du travail consistera à caractériser les propriétés physico-chimiques et d’adhésion de ces mutants par des approches disponibles au laboratoire (MATH, goniométrie, zétamétrie, MEB, tests d’adhésion et de décrochement en flow-cell). Enfin, la couche muqueuse de chacun des mutants sera purifiée afin d’analyser la composition en sucres par spectrométrie de masse (Collaboration UGSF, UMR8576). Ce travail contribuera à une meilleure compréhension de la structure et de la fonction des glycanes présents à la surface des spores des bactéries du genreBacillusdans les phénomènes d’adhésion aux surfaces.

Formations et compétences attendues

Formation :

Etudiant en formation Bac +5, ingénieur ou Master 2 en biotechnologies / microbiologie.

Compétences nécessaires : 

Connaissances théoriques en microbiologie, génétique et biologie moléculaire

Qualités rédactionnelles et maîtrise de l’anglais scientifique

Une première expérience en laboratoire de recherche serait un plus

Qualités recherchées : 

Curiosité, autonomie, organisation, esprit d’analyse et de synthèse

Contact

Nom
Thomas DUBOIS
Email
thomas.dubois@inra.fr