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Caractérisation de cerneaux de noix d’une collection de ressources génétiques et analyse GWAS en vue du développement de marqueurs moléculaires utilisables en sélection
Référence
1571400136
Date limite pour postuler
15/12/2019
Date de publication
18/10/2019

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Stage
Durée du contrat
6 mois
Date de début de contrat
01/01/2020

Rémunération
Selon la règlementation en vigueur pour 2020 (environ 580 €/mois)
Domaine professionnel
Biologie

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR1332 BFP Biologie du Fruit et Pathologie
Adresse de l'unité d'affectation
INRA Campus de la Grande Ferrade 71 avenue Edouard Bourlaux CS20032 33883 VILLENAVE D'ORNON CEDEX
Site web de l'unité d'affectation
https://www6.bordeaux-aquitaine.inra.fr/bfp
Région de l'unite d'affectation
Nouvelle-Aquitaine

Descriptif

Environnement de travail

Contexte et problématique :

Aujourd'hui, la filière nucicole française assiste à une concurrence mondiale accrue. Elle doit aussi faire face aux effets déjà visibles du changement climatique, tels que le réchauffement des températures moyennes et l’apparition de gelées tardives printanières, pouvant engendrer des pertes de production. Par ailleurs, les pathogènes futurs et déjà existants doivent être pris en compte dans un futur programme de création variétale. On peut citer par exemple les dégâts causés par la bactériose due à Xanthomonas arboricola pv. juglandis, et à ceux provoqués par deux formes d’anthracnoses, par les champignons Gnomonia leptostyla et Colletotrichum acutatum. Il est donc dans l’intérêt de la filière de pouvoir prodiguer des variétés à cycle court, pour éviter ces gelées printanières, tout en proposant les fruits relativement tôt dans la saison. Si ces critères sont primordiaux, il ne faut pas oublier les critères indispensables pour une variété performante : une forte productivité, une grande vigueur de l’arbre et une bonne qualité organoleptique et nutritionnelle. Le levier génétique semble donc être une stratégie de choix pour aider l’améliorateur à parvenir à ces variétés, même si les pratiques culturales devront également être améliorées en parallèle. Ainsi, l’identification de marqueurs moléculaires liés à des caractères d’intérêt agronomique, utilisables en sélection assistée par marqueurs faciliterait la tâche du sélectionneur, en particulier pour les espèces pérennes comme le noyer dont la période juvénile dure 6 à 7 ans.

 
Objectifs généraux du stage / Résultats attendus :

L’objectif du stage sera de caractériser les cerneaux de noix d’une collection de ressources génétiques de noyer INRA pour différents critères de qualité et
d’identifier des marqueurs de type SNP utilisables en sélection, suite à une analyse de type GWAS (génétique d’association). Cette collection résulte d’un important travail de prospection réalisé entre 1988 et 2000 dans de nombreux pays du monde et représente une grande partie des espèces du genre Juglans. Un sous-ensemble de 170 accessions de Juglans regia, le noyer cultivé, regroupant la plus grande diversité a été génotypé avec une puce de 700K SNP et phénotypé pour un ensemble de caractères (phénologie, qualité du fruit et résistance aux maladies) pendant au moins une année. Durant le stage de M2, une année supplémentaire de phénotypage des noix permettrait d’affiner l’analyse GWAS. Les SNP montrant des associations significatives avec les caractères d’intérêt seront transformés en marqueurs de type KASP, utilisables en SAM. Ces travaux s’inscrivent dans l’axe thématique 6 du Gis Fruit ‘Elaboration et maintien de la qualité des fruits frais et transformés (axe 4 également : ‘Adaptation et anticipation du changement climatique’ )

 
Publications de l’équipe d’accueil et/ou relative au sujet (et/ou au projet dans lequel s’insère le stage) :

 
Bernard A, Lheureux F, Dirlewanger E (2018a) Walnut: Past and Future of Genetic Improvement. Tree Genetics & Genomes 14:1 DOI: 10.1007/s11295-017-1214-0
Bernard A, Barreneche T, Lheureux F, Dirlewanger E (2018b) Analysis of genetic diversity and structure in a worldwide walnut (Juglans regia L.) germplasm using SSR markers. PLoS ONE 13 (11): e0208021. https://doi.org/10.1371/journal.
Bernard A, Barreneche T, Delmas M, Durand S, Pommier C, Lheureux F, Tranchand E, Naudin M, Dirlewanger E (2019) The Walnut Genetic Resources of INRA: chronological phenotypic data and ontology. BMC Research Notes (sous presse).

 
ACTIVITES DOMINANTES CONFIEES AU STAGIAIRE :

 
- analyses phénotypiques de cerneaux de noix d’une collection de ressources génétiques
- analyses de données phénotypiques : morphologiques, teneurs en composés phénoliques
- génétique d’association
- développement de marqueurs moléculaires utilisables en sélection assistée par marqueurs

Formations et compétences attendues

PROFIL REQUIS :

 
- Dernière année de Formation Supérieure BAC + 5
- Connaissances : génétique des populations, génétique quantitative, biologie moléculaire, logiciel R
- Compétences opérationnelles :
- Langues : Anglais
- Permis de conduire (le cas échéant) 

 

 
INDEMNISATION (SUR BUDGET INRA-GIS FRUITS) :

 
Selon la règlementation en vigueur pour 2020 (environ 580 €/mois)

 

AVANTAGES PROPOSES (le cas échéant) :

 
- logement : logement stagiaire Ctifl Lanxade
- restauration :
- déplacements :

 

 
CONTACT MAITRE DE STAGE INRA :

 
(1) Maître de stage INRA (obligatoire)
Nom et fonction du responsable à contacter :
Dirlewanger Elisabeth, Directrice de Recherche,
UMR1332 Biologie du Fruit et Pathologie (BFP), équipe ‘Adaptation du Cerisier au Changement Climatique’
Centre de Recherche de Bordeaux
71, avenue Edouard Bourlaux - CS 20032
33882 Villenave d'Ornon Cedex – France
Tél. : 05 57 12 24 61
Site web (équipe et/ou projet) : https://www6.bordeaux-aquitaine.inra.fr/bfp
Mail : elisabeth.dirlewanger@inra.fr

Contact

Nom
Dirlewanger Elisabeth
Telephone
05 57 12 24 61
Email
elisabeth.dirlewanger@inra.fr