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Probl ématique du stage

  
Ce stage s'inscrit dans le cadre du projet METAhCOL, qui s'int éresse  a l'impact des contaminants environnementaux et alimentaires sur le développement du cancer colorectal. Des travaux r écents ont, en eff et, montr é que l'apparition ou
la progression de ce cancer pouvait être dû  à une reprogrammation du m étabolisme induite par les contaminants. Le projet a pour objectif d' étudier ce ph énom ène in vitro (sur des cellules en culture) et in vivo (sur un animal mod èle,
le poisson z èbre). Des donn ées g énomiques (omiques) de natures vari ées (en particulier, transcriptome - expression des g ènes - et m étabolome) ont  ét é collect ées pour mesurer l'impact de doses vari ées d'ingestion de ces contaminants.
L'objet de ce stage sera l'analyse et l'int égration d'une partie de ces donn ées.

  
Travail  à e ffectuer

  
L' étudiant-e aura pour premi ère tâche de s'approprier ces donn ées, les m éthodes d'analyse statistique (bas ée sur des analyses factorielles, des tests type analyse de variance et/ou des r égressions lin éaires et PLS) ainsi que les outils pour faire ces analyses.

  
Dans un second temps, l' étudiant-e devra analyser les donn ées du projet avec en particulier :
- une phase exploratoire (statistique descriptive uni et bi vari ee, ACP),
- une phase d'int egration (PLS, s election de variables).

  
L'impl émentation des m éthodes ainsi que le travail d'analyse seront e ffectu és  a l'aide du logiciel R et de packages/routines dont certaines sont d éj a d évelopp és par l' équipe d'encadrement du stage.

• Master 1 ou Master 2 en math ématiques appliqu ées ou  équivalent en  école d'ing énieur ;
• Maî trise de R ;
• Bonnes connaissances th éoriques en statistique, machine learning ;
• Aucune connaissance pr éalable en biologie n'est n écessaire mais un goût pour ce domaine appliqu é serait un plus.

Pour les  étudiant-e-s en fi n de formation, le stage pourrait être prolongé par un CDD de 6 mois.