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Adaptation et résilience des communautés de cyathostomes face aux perturbations environnementales
Référence
1559826631
Date limite pour postuler
31/07/2019
Date de publication
06/06/2019

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Contrat de thèse
Durée du contrat
3 ans
Date de début de contrat
01/10/2019

Rémunération
1770 euros brut/mois

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR1282 ISP Infectiologie et Santé Publique
Adresse de l'unité d'affectation
INRA Tours 37380 NOUZILLY
Région de l'unite d'affectation
Centre-Val de Loire

Descriptif

Environnement de travail

Contexte :

Les chevaux au pâturage sont infestés par une faune variée de strongles gastrointestinaux, classés en grands strongles (Strongylus vulgaris) ou petites strongles (cyathostomes). S. vulgaris est reconnue comme l’espèce la plus pathogène et une cause fréquente de coliques, mais a largement disparu des élevages. En revanche, les cyathostomes peuvent toucher jusqu’à 100% des chevaux. Les cyathostomes sont responsables de retard de croissance, de perte de poids, mais aussi d’un syndrome de cyathostomose larvaire dû à l’émergence en masse de stades larvaires enkystés dans la muqueuse colique où ils séjournent durant leur cycle de développement. En cas d’échec de traitement, le pronostic clinique peut s’assombrir jusqu’à la mort des animaux dans 30% des cas au moins.

Le contrôle de ces parasites est donc indispensable, mais de nombreuses populations de cyathostomes sont devenues résistantes aux vermifuges. Une enquête récente en France a démontré l’inefficacité généralisée du fenbendazole, mais une efficacité préservée pour l’ivermectine. En revanche, le pyrantel tend à être en limite d’efficacité.

Il apparait donc essentiel de comprendre les déterminants de la résistance au pyrantel et de suivre au mieux son efficacité sur le terrain afin d’éviter de perdre cette molécule dans les plans de vermifugation. Face à ce constat, trois stratégies sont à envisager.

Premièrement, il est indispensable de mettre au point des marqueurs de résistance au pyrantel pour surveiller l’apparition de populations parasitaires résistantes. Pour cela, il est indispensable de construire des génomes de référence pour ces espèces afin de caractériser la structure génétique des populations de cyathostomes.

Deuxièmement, les interactions entre la communauté de cyathostomes (entre 10 à 20 espèces par cheval) et les micro-organismes de la flore digestive sont très mal comprises. L’intérêt de ce savoir est double. D’une part, reconnaitre les perturbations de flore associées aux cyathostomes permettrait de mieux diagnostiquer l’infestation sur le terrain et de mieux corriger ces perturbations pour favoriser le bien-être de l’hôte sans avoir recours aux anthelminthiques. D’autre part, l’identification d’interactions négatives entre familles bactériennes et espèce de cyathostome pourrait aboutir à l’identification de nouveaux anthelminthiques.

  

Missions confiées à l’étudiant(e) :

L’étudiant aura pour mission de quantifier la stabilité des communautés de cyathostomes à partir d’une méta-analyse de la littérature. Suite à ce travail, il/elle caractérisera la résilience des communautés parasitaires face à des pressions environnementales par une approche de métabarcoding. Un premier temps sera consacré à l’étude des interactions entre la flore microbienne du côlon (métagénomique 16S) et les communautés de cyathostomes avant et après vermifugation dans le cadre d’un suivi longitudinal de poneys en conditions contrôlées.

En deuxième intention, une comparaison des communautés de cyathostomes dans des isolats résistants ou sensibles aux anthelminthiques sera entreprise pour déterminer les espèces associées à la moindre efficacité des antiparasitaires.

Enfin, un travail d’identification des déterminants génétiques sous-jacents à la résistance au pyrantel sera entrepris à partir d’isolats parasitaires résistants et sensibles de Normandie. Ce travail sera concomitant à la construction du génome de référence de trois espèces majeures Cylicocyclus nassatus, Cylicostephanus longibursatus et Cyathostomuum catinatum.

Cette thèse offrira donc une formation complète mêlant parasitologie de terrain et analyses de génomiques quantitatives.

Formations et compétences attendues

Compétences essentielles :

• Master en génétique quantitative ou génétique des populations ou bio-statistiques

• Maitrise de R et d’un environnement Unix

• Anglais courant écrit /parlé

 

Compétences idéales :

• Une première expérience en biologie moléculaire ou parasitologie

• Capacité démontrée à résoudre des problèmes

• Autonomie et flexibilité, et capacité à communiquer les résultats à des audiences différentes

Envoyez votre CV, une lettre de motivation et au moins une lettre de recommandation d’un encadrant de Master 1 ou 2 à 

Guillaume.Salle@inra.fr, Nuria.Mach@inra.fr

Contact

Nom
Guillaume Sallé / Núria Mach
Email
Guillaume.Salle@inra.fr ; Nuria.Mach@inra.fr