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Sélection génomique chez le pin maritime
Référence
1557830814
Date limite pour postuler
29/05/2019
Date de publication
14/05/2019

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Contrat de thèse
Durée du contrat
3 ans
Date de début de contrat
01/10/2019

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR1202 BIOGECO Biodiversité, Gènes et Communautés
Adresse de l'unité d'affectation
INRA Domaine de l'Hermitage Cestas Pierroton 69 route d'Arcachon 33612 CESTAS CEDEX
Région de l'unite d'affectation
Nouvelle-Aquitaine

Descriptif

Environnement de travail

L'amélioration génétique des espèces animales et végétales fait actuellement face à un nouveau paradigme avec l'avènement de technologies de caractérisation de leur génome. Ainsi, la sélection génomique permet d’estimer la valeur génétique des individus à partir d’un grand nombre de marqueurs moléculaires et d’un modèle de prédiction calibré sur une population de taille limitée. La sélection génomique a profondément modifié les schémas de sélection chez les animaux (bovins en particulier) et commence aujourd’hui à être introduite dans les schémas de
sélection de certaines plantes (blé, colza…). L'introduction de l’information génomique est également envisagée dans les programmes de sélection génétique des arbres forestiers où elle pourrait permettre de réduire la durée des cycles de sélection et de faciliter l’introduction de critères difficiles à phénotyper (caractères liés, par exemple, à la qualité du bois ou aux contraintes biotiques et abiotiques).

 
Chez le pin maritime, deux études de sélection génomique ont été menées par l’UMR BIOGECO (Bartholome et al. 2016; Isik et al. 2016). Elles mettent en évidence la difficulté à capter la variabilité intra-famille (ségrégation Mendélienne) dans les schémas actuels. Un schéma adapté pour rendre plus accessible la ségrégation Mendélienne est pourtant un préalable indispensable pour implémenter efficacement la sélection génomique chez les conifères, et ainsi favoriser une gestion de la diversité génétique sur le long-terme.
 

L’objectif de cette thèse est de définir les conditions de mise en oeuvre de la sélection génomique chez le pin maritime (nombre et distribution de marqueurs, structure de la population d’entrainement / de validation, définition d’un schéma de recombinaison et de sélection intégrant
la prédiction génomique). Une population issue des dispositifs d’évaluation du groupement d’intérêt scientifique « Pin Maritime du Futur » sera échantillonnée en choisissant un nombre limité de familles (15-20 familles) avec environ 50 individus par famille afin d’essayer de capter et prédire la ségrégation Mendélienne. Les phénotypes considérés seront les critères de sélection actuels (croissance et rectitude) ainsi que des caractères liés aux propriétés bois (densité et angle du fil, par exemple). Le génotypage de cette population se fera avec une puce multi-espèces en cours de développement (~10 000 SNPs pour le pin maritime) dans le cadre du projet européen B4EST. Les données de phénotypage / génotypage permettront d’évaluer et comparer différents modèles de prédiction et conditions d’application (population d’entrainement / population de validation). L’objectif final est de définir les conditions dans lesquelles la ségrégation Mendélienne peut être utilisée de façon optimale afin de proposer un schéma de sélection intégrant une approche de type « sélection génomique ».

L’encadrement de cette thèse se fera par des chercheurs en génétique forestière des centres INRA de Pierroton et Orléans. Cette thèse s’inscrit dans le cadre du projet européen B4EST dans lequel des collaborations sont en cours. Une interaction avec les partenaires du groupement d’intérêt scientifique « Pin Maritime du Futur » sera encouragée afin de proposer une intégration des approches de sélection génomique dans le programme de sélection actuel.

Formations et compétences attendues

Profil recherché :  

Le candidat devra posséder des connaissances solides en génétique / amélioration génétique ainsi qu’en statistiques. Une expérience du logiciel R est souhaitée.

Bibliographie : 
Bartholome, J., Van Heerwaarden, J., Isik, F., Boury, C., Vidal, M., Plomion, C., and Bouffier, L. 2016.
Performance of genomic prediction within and across generations in maritime pine. BMC Genomics
17(1): 604. doi: 10.1186/s12864-016-2879-8.
Isik, F., Bartholome, J., Farjat, A., Chancerel, E., Raffin, A., Sanchez, L., Plomion, C., and Bouffier, L. 2016.
Genomic selection in maritime pine. Plant Science 242: 108-119. doi: S0168-9452(15)30039-X [pii]
10.1016/j.plantsci.2015.08.006.

Les candidatures doivent être déposées avant le 29 mai 2019 sur le site ADUM :
https://www.adum.fr/as/ed/voirproposition.pl?site=adumR&matricule_prop=23654

Contact : laurent.bouffier@inra.fr

Contact

Nom
Christophe Plomion / Léopoldo Sanchez / Laurent Bouffier
Email
laurent.bouffier@inra.fr