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Postdoc : Bioinformatique - Développement de ressources génomiques sur la jussie, plante aquatique invasive
Référence
1544522159
Date limite pour postuler
28/02/2019
Date de publication
11/12/2018

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Contrat postdoc
Durée du contrat
18 mois
Date de début de contrat
01/04/2019

Rémunération
Salaire mensuel brut 3 145,20€ (soit 1 781,39€ net) les six 1ers mois puis 3 976,89 € mensuel brut (soit 2 267,62€ net)

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR0985 ESE - Ecologie et Santé des Ecosystèmes
Adresse de l'unité d'affectation
INRA-Agrocampus Rennes - 65, rue de Saint-Brieuc - 35042 RENNES CEDEX
Site web de l'unité d'affectation
https://www6.rennes.inra.fr/ese
Région de l'unite d'affectation
Bretagne

Descriptif

Environnement de travail

Description de l’unité et de l’équipe d’accueil

  

L’UMR Ecologie et Santé des écosystèmes (ESE) conduit des recherches principalement sur les écosystèmes aquatiques (continentaux et marins) et leurs transformations dans le contexte d’anthropisation et de changement global. Les travaux qui y sont menés ont pour objectif de répondre aux attentes sociétales en matière de préservation des zones naturelles, des ressources biologiques, de la biodiversité et des risques associés aux pollutions, aux invasions biologiques et au changement climatique. L’équipe Écologie évolutive des perturbations liées aux invasions biologiques et aux xénobiotiques  (EPIX) étudie les mécanismes d'installation des espèces animales et végétales allochtones et les impacts sur les écosystèmes.

  

Notre équipe s’intéresse en particulier à la jussie, espèce invasive aquatique, dont 2 espèces sont présentes en France, Ludwigia grandiflora (décaploide, 10x=80 chromosomes) et Ludwigia peploides(diploïde, 2x=16 chromosomes). Très répandues au niveau du réseau hydrique national, ces deux espèces aquatiques sont également capables d’envahir les berges et les prairies humides. Afin de comprendre l’adaptation de la jussie au milieu terrestre, des approches génétiques et épigénétiques sont ou vont être développées sur Ludwigia grandiflora. Ne disposant pas de ressources génomiques chez ces 2 espèces, leurs développements sont indispensables pour mener à bien de telles études.

  

C’est pourquoi, une analyse transcriptomique sur L. grandifloraest en coursviaune stratégie ‘gènes candidats’. Par ailleurs, un RNA-Seq va être réalisé avec comme objectifs (1) de générer des données pour réaliser un transcriptome de référence de L. grandifloraet (2) une analyse d’expression différentielle. Parallèlement à l’obtention de données transcriptomiques sur L. grandiflora, il est envisagé de réaliser le séquençage de L. peploidesviaune approche combinant séquençage ‘long reads’ (nanopore, MinION) et  séquençage ‘short reads’ (illumina). L’ensemble des données collectées permettra la réalisation d’un génome de référence pour L. peploides et un transcriptome de référence pour L. grandiflora. L’obtention de ces ressources génomiques favorisera les études génétiques et épigénétiques de notre projet.

 

Missions et activités confiées :

- Assurer l’assemblage de novo à partir des reads produits par séquenceurs de nouvelle génération (NGS) issues des technologies MiSeq et HiSeq (Illumina) ainsi que MinION (Nanopore).

- Ëtre moteur pour proposer et mettre en œuvre des stratégies pour assembler et annoter des génome ou transcriptome des espèces non modèles, L. grandiflora et L. peploides.

- Collaborer à l’établissement d’un méthylome chezL. grandiflora.

- Participer à la rédaction de publications scientifiques dans des journaux de rang A.

- Présenter les résultats des analyses menées lors de conférences à l’échelle nationale et internationale.

Formations et compétences attendues

Formation recommandée : Doctorat en bioinformatique, en biologie des systèmes, en informatique ou domaine similaire

  
Connaissances souhaitées :

- Être capable d’analyser des données de type NGS (Séquençage, RNA-Seq, …)

- Expérience solide en programmation avec des langages R et Python (ou similaire)

- Maitrise des différents outils informatiques (Ensembl, IPA, cMAP, mirBase,..) et des méthodes pour l’analyse de données (Limma, GSEA)

- Solide expérience dans l’analyse du génome et/ou du transcriptome

- Formation en statistiques

- Maitrise de l’anglais

  

Des connaissances en assemblage et annotations des génomes polyploides ainsi qu’en biologie seront appréciées.

 
Expérience : Une expérience post doctorale sera appréciée.

  

Critère d’éligibilité : Le/La candidat/e doit avoir passé un maximum de 18 mois en France lors des 3 dernières années à compter du 28 mai 2018 (à savoir entre le 28 mai 2015 et le 28 mai 2018).

  
Aptitudes recherchées : Rigueur, aptitude à communiquer, goût du travail en équipe pluridisciplinaire

Contact

Nom
Dominique BARLOY
Telephone
02 23 48 54 83
Email
Dominique.barloy@agrocampus-ouest.fr