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Stage master : integration de donnees omiques pour l'etude de l'impact des contaminants alimentaires sur le metabolisme et le developpement de cancers (h/f)
Référence
1541409384
Date limite pour postuler
31/12/2018
Date de publication
05/11/2018

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Stage
Durée du contrat
duree 3 mois (si M1) ; 4 a 6 mois (si M2)
Date de début de contrat
01/03/2019

Rémunération
environ 550 euros par mois

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UR0875 MIAT Mathématiques et Informatique Appliquées Toulouse
Adresse de l'unité d'affectation
INRA Auzeville 24 chemin de Borde-Rouge - Auzeville CS 52627 31326 CASTANET-TOLOSAN CEDEX
Région de l'unite d'affectation
Occitanie

Descriptif

Environnement de travail

Problématique du stage

Ce stage s'inscrit dans le cadre du projet METAhCOL, qui s’intéresse a l'impact des contaminants environnementaux et alimentaires sur le développement du cancer colorectal. Des travaux récents ont, en e et, montre que l'apparition ou la progression de ce cancer pouvait être dû a une reprogrammation du métabolisme induite par les contaminants. Le projet a pour objectif d’étudier ce phénomène in vitro (sur des cellules en culture) et in vivo (sur un animal modèle, le poisson zèbre). Des données génomiques (omiques) de natures variees (en particulier, transcriptome - expression des gènes - et métabolome) ont et collectées pour mesurer l'impact de doses variées d'ingestion de ces contaminants. L'objet de ce stage sera l'analyse et l’intégration d'une partie de ces données.

 

Travail à effectuer

L’étudiant aura pour première tâche de s'approprier ces données, les méthodes d'analyse statistique (basée sur de des analyses factorielles, des tests type analyse de variance et/ou des régressions linéaires et PLS) ainsi que les outils pour faire ces analyses.

Dans un second temps, l’étudiant devra analyser les données du projet avec en particulier :

  • une phase exploratoire (statistique descriptive uni et bi variee, ACP),
  • une phase d’intégration (PLS, selection de variables).

L’implémentation des méthodes ainsi que le travail d'analyse seront  effectues a l'aide du logiciel R et de packages/routines dont certaines sont déjà développés par l’équipe d'encadrement du stage.

Formations et compétences attendues

Profil recherché

 

Master 1 ou Master 2 en mathématiques appliquées ou équivalent en école d’ingénieur ; maîtrise de R ;

bonnes connaissances théoriques en statistiques, machine learning ;

aucune connaissance préalable en biologie n'est nécessaire mais un goût pour ce domaine applique serait un plus.

Pour postuler envoyer CV, lettre de motivation et dernier relevé  de notes a nathalie.vialaneix@inra.fr

Contact

Nom
Nathalie Vialaneix
Email
nathalie.vialaneix@inra.fr