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Stage master : nouvelles méthodes de phénotypage et déterminisme génétique de l’échaudure superficielle (h/f)
Référence
1540896661
Date limite pour postuler
31/12/2018
Date de publication
30/10/2018

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Stage
Durée du contrat
6 mois
Date de début de contrat
15/01/2019

Rémunération
Selon la règlementation en vigueur pour 2019 (environ 550 €/mois)
Domaine professionnel
Instrumentation et expérimentation scientifique

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR1345 IRHS Institut de Recherche en Horticulture et Semences
Adresse de l'unité d'affectation
INRA Site d'Angers Beaucouzé 42 rue Georges Morel BP 60057 49071 BEAUCOUZE CEDEX 01
Région de l'unite d'affectation
Pays de la Loire

Descriptif

Environnement de travail

Contexte et problématique :

L’échaudure  superficielle  ou  «  superficial  scald  »  est  un  désordre  physiologique  qui  se  manifeste  par  le brunissement de la surface des pommes pendant ou après la conservation des fruits au froid, et les rendant ainsi non commercialisables. L’incidence et la sévérité de l’échaudure superficielle dépendent de nombreux facteurs tels  que  la  variété  (génotype),  les  conditions  climatiques  en  production  (température  et  pluviométrie),  les traitements  post-récoltes  ou  encore  les  conditions  de  conservation  (Luries  and  Watkins  2012,  Postharvest Biology and Technology 65, 44-60). Le déterminisme moléculaire de l’échaudure reste encore mal connu même si depuis quelques années, le nombre de travaux tend à se multiplier en réponse à l’interdiction progressive du DPA.

L’efficacité des traitements antioxydants tel que le DPA (Diphénylamine, aujourd’hui interdit en Europe), ou l’effet positif  d’une  faible  concentration  en  dioxygène  en  conservation,  tendent  à  montrer  que  l’échaudure  est  un processus oxydatif induit par le passage en conservation au froid (Sabban-Amin et al., 2011, Postharvest Biology and Technology 62, (3), 295-304). L’hypothèse principalement étudiée implique l’α-farnésène, un sesquiterpène volatile, dont l’oxydation provoquerait les symptômesviala génération de formes oxydantes de l’oxygène (ROS). Les  traitements  aux  1-MCP  (1-méthylcyclopropène)  préviennent  également  l’apparition  des  symptômes.  Cet inhibiteur  de  la  voie  de  signalisation  de  l’éthylène  a  de  multiples  effets  sur  les  fruits  et  son  efficacité  contre l’échaudure  est  dû  à  d’importantes  modifications  du  transcriptome  des  fruits  (Busatto  et  al.,  2018,  The  Plant Journal 93 (2), 270-285). L’étude de l’expression de certain gènes cible seulement (enzymes antioxydant, voies de   biosynthèse   de   l’α-farnésène   et   des   polyphénols)   n’est   pas   suffisante   pour   identifier   la   cascades d’évènements  moléculaires  conduisant  à  l’échaudure  superficielle  des  fruits.   Pour  cela  nous  étudions  le développement  de  l’échaudure  d’un  point  de  vu  structural  et  fonctionnel  avec  une  approche  multidisciplinaire permettant  d’étudier  les  modifications  biochimiques,  transcriptomiques  et  alléliques  menant  à  l’apparition  des symptômes.

Objectifs généraux du stage / Résultats attendus :

L’objectif du stage est de participer à l’analyse du déterminisme génétique du développement de l’échaudure sur une   population   F1   d’hybrides   issus   d’un   croisement   Starkrimson   (résistante   et   rouge)   x   Granny   Smith (susceptible et verte) pour laquelle la couleur du fruit et la susceptibilité sont en ségrégation. L’étudiant testera une  nouvelle  méthode  de  phénotypage  par  imagerie  de  manière  à  obtenir  une  évaluation  quantitative  de  la sévérité  des  symptômes,  quelle  que  soit  la  couleur  du  fruit,  à  la  place  du  système  de  notation  des  fruits  par classe de surface échaudée. Les paramètres des courbes de distributions de surfaces échaudées seront utilisés pour analyser le déterminisme génétique de l’échaudure par détection de QTL. En fonction des résultats obtenus, des hypothèses fonctionnelles pourront être émises et testées sur des échantillons prélevés sur des hybrides aux phénotypes contrastés déjà identifiés (phenotypage biochimique et/ ou transcriptionnel).

Publications de l’équipe d’accueil et/ou relative au sujet (et/ou au projet dans lequel s’insère le stage) :

1.   Ahmadi-Afzadi  et  al.,  2018.  Genome-wide  expression  analysis  suggests  a  role  for  jasmonates  in  the resistance to blue mold in apple. Plant Growth Regulation, 85 (3), 375-387. DOI : 10.1007/s10725-018-0388-2.

2. Baïram et al., 2017. Models for Predicting the Architecture of Different Shoot Types in Apple. Frontiers in plant science, 8 (65).

 

3.  Storch  et  al.,  2017.  Contrasting  transcriptional  programs  control  postharvest  development  of  apples (Malus x domestica Borkh.) submitted to cold storage and ethylene blockage. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 65 (35), 7813-7826. DOI : 10.1021/acs.jafc.7b01425.

 

4. heilly  et  al.,  2016.  Cell  wall  dynamics  during  apple  development  and  storage  involves  hemicellulose modifications and related expressed genes. BMC Plant Biology, 16 (1). DOI 10.1186/s12870-016-0887-0.

 

5.   Segonne Mikol et al., 2014. Multiscale investigation of mealiness in apple: an atypical role for a pectin methylesterase  during  fruit maturation.  BMC  Plant  Biology,  14,  article  375 (18  p.).  DOI  :  10.1186/s12870-014-

0375-3.

 

Formations et compétences attendues

ACTIVITES DOMINANTES CONFIEES AU STAGIAIRE :

- Mise au point de la méthode de phénotypage par imagerie

- Extraction des paramètres de distribution de surfaces échaudées par modélisation

- Recherche de QTL

- éventuellement analyse biochimiques ou transcriptionnelle pour tester des hypothèses.

 

 

PROFIL REQUIS :

- Dernière année de Formation Supérieure BAC + 5

- Connaissances : Génétique et Physiologie moléculaire des plantes

- Compétences opérationnelles : maitrise de l’outils informatique et initiation aux techniques de laboratoire.

- Langues : français et/ou anglais

- Permis de conduire (le cas échéant) : serait un plus

 

AVANTAGES PROPOSES (le cas échéant) :

- logement : néant

- restauration : accès subventionné au restaurant inter entreprise

- déplacements : néant

CONTACT MAITRE DE STAGE INRA :

Nom et fonction du responsable à contacter : Mathilde Orsel, CR INRA Adresse : IRHS - Institut de Recherche en Horticulture et Semences

UMR1345 INRA / Agrocampus-ouest / Université d'Angers

Centre Angers-Nantes INRA, IRHS batiment B

42, rue Georges Morel – CS 60057 - 49071 Beaucouzé cedex – France

Tél. : 02 41 22 57 84

Site web (équipe et/ou projet) : https://www6.angers-nantes.inra.fr/irhs_eng/Research/Genetics-Ecophysiology- and-Modeling-of-Pomefruits

Mail : mathilde.orsel-baldwin@inra.fr

Contact

Nom
Mathilde Orsel
Telephone
02 41 22 57 84
Email
mathilde.orsel-baldwin@inra.fr