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Stage master : Recherche des sources de résistance/tolérance à une bactériose des Prunus (ESFY) ou ses vecteurs au travers une analyse bibliographique, des analyses statistiques de données de prospections, et une enquête auprès des acteurs de la filière Fruits.(h/f)
Référence
1540893713
Date limite pour postuler
31/12/2018
Date de publication
30/10/2018

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Stage
Durée du contrat
6 mois
Date de début de contrat
01/03/2019

Rémunération
Selon la règlementation en vigueur pour 2019 (environ 550 €/mois)
Domaine professionnel
Informatique, statistiques et calcul scientifique

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR0385 BGPI Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite
Adresse de l'unité d'affectation
CIRAD - Département BIOS Campus International de Baillarguet UMR BGPI TA A-54/K 34398
Région de l'unite d'affectation
Occitanie

Descriptif

Environnement de travail

Contexte et problématique :

Les abricotiers et les pruniers, deux espèces majeures pour l’arboriculture française, ainsi que plusieurs de leurs porte-greffes sont en situation préoccupante pour leur multiplication et leur production du fait d’une maladie, l’enroulement  chlorotique  de  l’abricotier (ECA  ou  ESFY pour  European  stone fruit  yellows),  causée par  unphytoplasme,  ‘Candidatus phytoplasma  prunorum’.  Ce  phytopathogène  est  régulé  à  l’échelle  de  l’Union européenne dans le cadre de la directive 2000/29/CE et est classé danger sanitaire de catégorie 2 au titre de l’arrêté interministériel du 15 décembre 20144. La directive européenne vise à prévenir la mise en circulation de matériel infecté ainsi qu’à maintenir l’incidence de la maladie en verger à un seuil économiquement acceptable.

L’Inra de Montpellier travaille  depuis  plus  de 10 ans sur l’ESFY, en relation avec l’Inra de Bordeaux- Aquitaine,  et  le  domaine  Inra  de Gotheron,  tant  sur  les  vecteurs  [1,  2,  3,  4,  5],  le  cycle  biologique  de  la transmission  [6],  les  facteurs  de  risque  de  dissémination  de  la  maladie  [7],  et  la  variabilité  génétique  du pathogène [8]. L’épidémiologie de cette  maladie endémique en Europe  est  aujourd’hui mieux appréhendée [9,10] ;  on  sait  ainsi  que  les Prunus sauvages  (en  particulier  les  prunelliers)  sont  des  sources  d’inoculum  du pathogène et les plantes hôtes préférentielles des deux espèces de psylles vectrices, et que ces dernières jouent

rôle essentiel dans la dissémination inter-annuelle de l’ESFY à une échelle régionale. Ce pathosystème a fait l’objet de deux expertises en 2010-12 (Anses [11], EFSA [12]) et d’un projet européen COST de 2010 à 2014 [13] qui ont permis notamment d’établir des cartes de distribution des vecteurs et du phytoplasme à l’échelle de l’UE, et d’estimer l’impact de l’ESFY dans les 17 pays concernés par cette maladie [14, 15]. Aux dires d’experts, cetimpact  est  variable selon  les  zones  de  production  et  les  plantes  hôtes  et  il  apparaît  globalement  comme modéré. Néanmoins, il n’existait pas jusqu’à récemment de chiffres précis, en particulier en France, faute d’une étude permettant de quantifier précisément l’incidence de la maladie (nombre de nouveaux cas d’arbres atteints chaque année).

Ces dernières années, de forts taux de contamination ont été signalés par les arboriculteurs dans les différents bassins de production d’abricots en France, ce qui a justifié plusieurs arrêtés préfectoraux (Annexe) rendant obligatoire la mise en œuvre  de mesures de surveillance, de  détection, et de lutte contre  l’ESFY dans toutes les régions et les départements particulièrement concernés par cette maladie :Corse(Haute-Corse),Occitanie (Gard,  Lot,  Pyrénées-Orientales,  Tarn-et-Garonne),  et Rhône-Alpes (Ardèche,  Drôme,  Isère).  Les prospections à très grandes échelles dans ces régions montrent des taux de contaminations variant de 2% à 15%(voire plus !). En extrapolant à l’échelle européenne, en considérant le nombre d’hectares cultivés (68 000ha d’abricotiers en 2012 selon Eurostats), et le nombre moyen d’arbres à l’hectare (400 à 500), on peut estimer qu’entre 500 000 et 5 millions d’abricotiers sont infectés chaque année en Europe.

En  France,  malgré  le  contrôle  sanitaire  rigoureux  des  plants  fruitiers  dans  le  cadre  du  processus  de certification,  et  malgré  les  mesures  mise  en  oeuvre  pour  limiter  les  impacts  de  la  maladie  (ex  :  arrêtés préfectoraux),  force  est  de  constater  que l’ESFY  continue  de  poser  des  problèmes  à  la  filière  Fruits. La question de l’origine des causes de contamination (voies humaines ? voies naturelles via une dissémination par les insectes vecteurs ?) et des points d’entrées possibles de la maladie (des pépinières aux vergers) a fait l’objet d’un stage de Master 2 financé par le GIS-Fruits en 2015-20165. Ce travail faisait suite à une analyse multi-sites réalisées par l’Inra de Montpellier pendant 2 ans dans plusieurs bassins de productions d’abricots (travaux en cours de publication). La conclusion essentielle de ces travaux est que le milieu naturel (Prunus sauvages) est en partie à l’origine des contaminations des vergers, mais qu’il existe aussi un risque de contamination pendant la production  de  plants.  La  réflexion  engagée  avec  des  pépiniéristes  sur  cette  question  a  conduit  à  la  mise  en oeuvre  de  mesures  visant  à  sécuriser  la  production  vis-à-vis  de  l’ESFY.  A  l’heure  actuelle,  les  arboriculteurs tentent de limiter les contaminations naturelles en verger par des traitements insecticides ou par des traitements à  l’argile  à  une  période  ciblée  (printemps).  Ces  derniers  sont  difficiles  à  maitriser  et  ne  semblent  pas  aussi efficaces  qu’on  s’y  attendait  pour  lutter  contre  les  psylles  vecteurs  (études  en  cours).  Les  politiques  actuelles obligent à une diminution de l’usage des pesticides. Dans ce contexte, il y a une vraie urgence à trouver des alternatives pour mieux gérer le problème de l’ESFY en vergers de Prunus.

Objectifs généraux du stage / Résultats attendus :

L’utilisation de variétés résistantes ou tolérantes au phytoplasme responsable de l’ESFY ou/et aux psylles vecteurs  serait  une  solution  séduisante  au  problème  posé  de  la  lutte contre  cette  maladie.  A  l’heure  actuelle, formellement6,  il  n’existe  pas  de  variétés  d’abricotiers  ou  de  pruniers  inscrites  au  catalogue  décrites  comme résistantes ou tolérantes. Néanmoins, il n’est pas exclu que certaines de ces variétés ou des génotypes exploités lors de programme de sélection pour d’autres critères agronomiques puissent être intéressants.

L’objectif  du  stage  sera de  déterminer  par  différentes  démarches  complémentaires  s’il  existe  des sources  de  résistance/tolérance  à  l’ESFY  ou  ses  vecteurs qui  pourraient  ensuite  être  préconisées  pour  la lutte  (s’il  s’agit  de  variétés  déjà  inscrites  au  catalogue)  ou  être  utilisées  dans  un  programme  de  sélection variétale.  Il  s’agira  donc  avant  tout  d’une approche  exploratoire  aussi  exhaustive  que  possible pour démontrer l’intérêt ou non de s’engager à plus long terme dans des programmes de recherche.

Le  stage  visera  donc  à  dresser  un état  des  lieux  le  plus  exhaustif  possible  des  connaissances actuelles par :

• Une synthèse bibliographique (revue systématique et méta-analyse) à partir de travaux publiés, rapports de stages, rapports internes, … ;

• Une enquête auprès d’acteurs et d'experts de la filière Fruits (instituts, centres techniques, pépiniéristes,

…) pour déterminer quels travaux ont déjà été conduits sur la thématique diversité variétale/ ESFY ? Comment la sélection  a  pris  en  compte  ou  non  la  sensibilité  à  l’ESFY  ?  Si  des  observations  empiriques  ont  été  faites  et permettent du supposer l’existence de tolérances variétales ou moindre sensibilité en vergers, etc ;

• Une analyses de données de prospections réalisées dans le cadre des Arrêtés Préfectoraux dans deux grands bassins de production : Occitanie et Rhône-Alpes (partenaires : FREDON, FDGDON, SRAL) ;

• Une analyses des données de prospections réalisées par l’INRA ces dernières années en France, voire en  Suisse  (partenaire  Agroscope),  complétées  éventuellement  par  de  nouvelles  prospections  et  analyses  de typage de l’ESFY.

 

Publications de l’équipe d’accueil et/ou relative au sujet (et/ou au projet dans lequel s’insère le stage) :

[1] Sauvion  N., Lachenaud  O.  Genson  G.  Rasplus  J-Y.  &  Labonne  G.  (2007).  Are  there  several  biotypes  of Cacopsyllapruni?Bulletin of Insectology, 60 : 185-186

[2] Sauvion  N., Lachenaud  O.  Mondor-Genson,  G.,  Rasplus  J-Y.  &  Labonne,  G.,  (2009).  Nine  polymorphic microsatellite  loci  from  the  psyllid  Cacopsylla  pruni  (Scopoli),  the  vector  of  European  stone  fruits  yellows.MolecularEcology Resources,9 : 1196-1197

[3]  Serçe  Ç.  U.,  Yvon  M.,  Kaya  K.,  Gazel  M.,  ÇaglayanK.,  Can  Cengiz F., Sauvion  N. (2011)  Survey  on  the presence ofCacopsylla pruniin Turkey : preliminary results.Bulletin of Insectology64: S145-S146

[4] Peccoud J., Labonne G.,Sauvion N.(2013) Molecular diagnostics to assign individuals within the complex Cacospyllapruni. PLoS ONE 8(8): e72454.

[5]  Peccoud  J.,  Pleydell  D.R.J., Sauvion  N. (2018)  A  framework  for  estimating  the  effects  of  sequential reproductive  barriers:  implementation using Bayesian models  with  field  data  from  cryptic  species. Evolutiondoi:10.1111/evo.13595

[6]  Thébaud  G.,  Yvon  M.,  Alary  R., Sauvion  N. &  Labonne  G.  (2009)  Efficient  transmission  of  ‘Candidatus Phytoplasma  prunorum’  is  delayed  by  eight  months  due  to  a  long  latency  in  its  host-alternating  vector. Phytopathology, 99 : 265-273

[7] Thébaud G.,Sauvion N.,Chadoeuf J., Dufils A. & Labonne G. (2006) Identifying risk factors from a  survey with a logistic regression model: the case of European stone fruit yellows.Phytopathology,96 : 890-899.

[8] Danet, J-L., Balakishiyeva G.,Sauvion N.,Cimerman A.,Marie-Jeanne V.,Labonne L., Laviňa A., Batlle A. Krizanac  I.,  Skorić  D.,  Ermacora  P.,  Serçe  C.U.,  Kağlayan  K.,  Jarausch  W.,  Foissac  X.  (2011)  Multilocus sequence analysis reveals the genetic diversity of European fruit tree phytoplasmas and the existence of inter species recombination.Microbiology,157: 438-450

[9]Sauvion N.,Thébaud G.,Marie-Jeanne V.,Peyre J., Brun L., Labonne G. (2012) Enroulement chlorotique de l'abricotier  (ECA)  :  Les  points  clés  pour  gérer  cette  maladie  à  phytoplasme  en  vergers  de  fruits  à  noyau. Phytoma, 654: 28-32.

[10]Sauvion N., Marie-Jeanne V.,Peccoud J., Bonnot F., Labonne G., & Thébaud G. (2018) Inferring gene flow among host plants of vector-borne phytopathogenic  bacteria: an exploratory approach combining molecular data and spatial statistics.Molecular Ecology(in prepar).

[11] Brand R., Danet J-L., Dosba F., Gentit P.,Sauvion N.,Robuchon A., Le Fay-Souloy C., Loiseau M, Mouttet R.,

Reynaud  P.  (2012)  Analyse  de  risque   phytosanitaire  ‘Candidatus  Phytoplasma  prunorum’   –  Rapport d’expertise collective – Saisine Anses 2011-SA-0137. 95 p. https://www.anses.fr/sites/default/files/documents/SVEG2011sa0137Ra.pdf

[12] MacLeod A. (…),Sauvion N.,et al (2012) Pest risk assessment for the European Community plant health: a

comparative approach with case studies. Supporting Publications 2012:EN-319 [1053 pp.] Available online:

http://www.efsa.europa.eu/en/efsajournal/doc/319e.pdf

[13] COST Action FA0807 Integrated management of phytoplasma epidemics in different crop systems : http://www.costphytoplasma.ipwgnet.org/meetings.htm  ; N.  Sauvion:Working  Group  2  :  Epidemiology and vector ecology http://www.costphytoplasma.ipwgnet.org/working_groups_general.htm

[14]  Steffek,  R.,  Follak,  S.,  Sauvion,  N., Labonne,  G.,  MacLeod,  A.  (2012)  Distribution  of  ‘CandidatusPhytoplasma  prunorum’  and  its  vector  Cacopsylla  pruni  in  European  fruit  growing  areas:  a  review. EPPO Bulletin,42 (2): p.191- 202.

[15]  Jarausch  B.,  Weintraub  P., Sauvion  N., Maixner  M.,  Foissac  X.  (2014)  Diseases  and  insect  vectors  in Phytoplasmas  and  phytoplasma  disease  management:  how  to  reduce  their  economic  impact.  Bertaccini  A. (Ed). COST Action FA0807 - International Phytoplasmologist Working Group, Bologna. P 111-121

Formations et compétences attendues

ACTIVITES DOMINANTES CONFIEES AU STAGIAIRE :

- Analyses de données bibliographiques (revue systématique et méta-analyse)

- Elaboration d’un questionnaire, mise en œuvre et analyse des réponses

-  Analyses  de  données  statistiques  (ex :  analyses  multivariées)  de  gros  jeux  de  données  de  résultats  de prospections réalisées sur de milliers de parcelles par nos partenaires (FREDON, SRAL, FDGDON), sous R.

PROFIL REQUIS :

- Dernière année de Formation Supérieure BAC + 5

- Connaissances : connaissances générales en agronomie, bonne maitrise des méthodes et outils statistiques. Une connaissance du logiciel R serait un plus.

- Compétences opérationnelles : capacité de synthèse, très grande rigueur dans la gestion et l’exploitation des

données, aptitude au travail en équipe et à s’exprimer devant des publics divers.

- Langues : bonne maitrise de l’anglais scientifique écrit

- Permis de conduire (le cas échéant) : pas obligatoire.

AVANTAGES PROPOSES (le cas échéant) :

- logement : le labo d’accueil aidera à trouver un logement

- restauration : cantine d’entreprise sur place (2,93 €/repas)

- déplacements : fréquents entre Montpellier et les partenaires en Occitanie ou Rhône-Alpes, seront pris en

charge par le labo d’accueil.

 

CONTACT MAITRE DE STAGE INRA :

(1) Maître de stage INRA (obligatoire)

Nom et fonction du responsable à contacter : Nicolas Sauvion, IR HC Inra, responsable projet ESFY Adresse : CIRAD TA A-54 K, Campus International de Baillarguet, 34398 Montpellier cedex 5

Tél. : 04 99 62 48 41

Site web (équipe et/ou projet) : http://umr-bgpi.cirad.fr/equipes/equipe6.htm

Mail : nicolas.sauvion@inra.fr

Contact

Nom
Nicolas Sauvion
Telephone
04 99 62 48 41
Email
nicolas.sauvion@inra.fr