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Stage : étude pangénomique de l’expression allèle spécifique chez les agrumes d’origine interspécifique (h/f)
Référence
1539250584
Date limite pour postuler
01/12/2018
Date de publication
11/10/2018

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Stage
Durée du contrat
6 mois
Date de début de contrat
01/01/2019

Domaine professionnel
Expérimentation et production végétales

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR1334 AGAP Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et Tropicales
Adresse de l'unité d'affectation
INRA - Campus Supagro Montpellier 2 place Viala 34060 MONTPELLIER CEDEX 2
Région de l'unite d'affectation
Occitanie

Descriptif

Environnement de travail

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR AGAP Cirad-Inra-SupAgro Montpellier, sur le campus Lavallette du Cirad, Avenue Agropolis, Montpellier. Des données RNA-Seq de diverses espèces d’agrumes (taxons ancestraux et espèces issues d’hybridations interspécifiques) étant disponibles, nous proposons de les revisiter pour étudier les expressions allèles ancestraux spécifiques. La rencontre de génomes d’origines différentes chez les hybrides interspécifiques entraine fréquemment une nouvelle régulation du génome due à divers mécanismes moléculaires. Certaines composantes épigénétiques sont liées à ce que Barbara Mc Clintock appelait en 1984 legenomic shock phenomenon. Les ARN interférents contribuent également à des hérédités non additives de l’expression. De plus, d’autres variations résultent de la juxtaposition et de l’interaction de réseaux de régulation divergents. L’hybridation interspécifique, avec ses conséquences sur la régulation du génome et donc sur le phénome, est considérée comme l’un des moteurs importants de l’évolution des complexes d’espèces permettant l’émergence de nouveaux phénotypes. L’expression non-équilibrée des différentes formes alléliques d’un même gène est commune aussi bien chez les animaux que chez les végétaux. L’étude de l’expression allèle spécifique est particulièrement importante pour des hybrides interspécifiques, pour lesquels une modification des réseaux de régulation peut se combiner avec des fonctionnalités différentes des haplotypes alléliques des espèces parentales.

Les agrumes cultivés constituent un bon modèle pour aborder ces études. Ils sont en effet issus d’une évolution résultant d’hybridation interspécifique (évolution réticulée) impliquant quatre taxons ancestraux et leurs structures phylogénomiques sont aujourd’hui décryptées. Des études sur des hybrides somatiques d’agrumes ont par ailleurs révélé une dominance globale de l’espèceC. reticulata(mandariniers) combinée à diverses espèces et genres apparentés tant au niveau du phénome, du protéome que du transcriptome. La compréhension des mécanismes de régulation du génome chez les hybrides interspécifiques est aujourd’hui essentielle pour optimiser les stratégies d’amélioration des agrumes.

 

Vous serez plus particulièrement en charge de :

Le stage s’intéressera à l’étude de l’expression allèle spécifique sur deux groupes variétaux :

-   un groupe de quatre espèces (Bigaradier,C. x aurantium; Pomélo,C. x paradisi, Oranger,C. x sinensiset Clémentinier,C. x clementina) issues d’hybridations interspécifiques au sein du complexeC. reticulata/C. maxima(deux taxons ancestraux) ;

-   un groupe de deux espèces (Citronnier,C. x limonet BergamotierC. x bergamia) du complexeC. reticulata/C. maxima/C. medica(trois taxons ancestraux).

Une fois les SNP diagnostiques des taxons validés dans les exons des gènes annotés sur les génomes de référence avec les données de RNA-Seq disponibles, le stagiaire essaiera de mettre en évidence :

-          s’il existe une expression différentielle des gènes entre les représentants des trois taxons ancestraux considérés (pour deux organes -feuille et fleur- traités séparément),

-          si l’on observe une additivité de l’expression génique chez des espèces d’origine interspécifique,

-          si les profils de régulation entre les deux organes pour une même espèce sont comparables,

-          si les profils de régulation pour un même organe entre variété pour les gènes présentant la même configuration d’hétérozygotie interspécifique sont comparables,

-          des réseaux de régulation par une approche de co-expression génique.

Formations et compétences attendues

Formation recommandée : Etudiant en Master 2, Bioinformatique, Agronomie ou Biologie des Plantes

Connaissances souhaitées : en génétique et un intérêt marqué pour la bioinformatique/bioanalyse et l'analyse de gros jeux de donnée. Une bonne connaissance d'un ou plusieurs outils de programmation (e.g., R, python, perl, …) et de l'environnement Linux est souhaitable

Aptitudes recherchées : Autonomie et rigueur.

Transmettre une lettre de motivation et un CV à Franck Curk

Contact

Nom
Franck Curk
Email
franck.curk@inra.fr