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Etude de l'apparition et la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques dans des données de métagénomique de flore intestinale d'humains et d'animaux
Référence
1535532647
Date limite pour postuler
01/11/2018
Date de publication
29/08/2018

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Mission temporaire
Durée du contrat
12 mois
Date de début de contrat
01/01/2019

Domaine professionnel
Biologie

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UR0875 MIAT Mathématiques et Informatique Appliquées Toulouse
Adresse de l'unité d'affectation
INRA Auzeville 24 chemin de Borde-Rouge - Auzeville CS 52627 31326 CASTANET-TOLOSAN CEDEX
Région de l'unite d'affectation
Occitanie

Descriptif

Environnement de travail

Environnement d'accueil    La personne recrutée sera accueillie au sein de la la plateforme GenoToul Bioinfo (http://bioinfo.genotoul.fr), une équipe de 8 permanents hébergée dans l'unité de recherche de Mathématique et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT), sur le site INRA d'Auzeville-tolosane (Haute-Garonne, région Occitanie). Les missions de la plateforme sont de :

  • mettre à disposition de la communauté scientifique régionale et nationale une infrastructure dédiée et performante dans le domaine de la bioinformatique;
  • accompagner les programmes scientifiques en développant et mettant en oeuvre des méthodes/outils répondant aux besoins. 

 

 Contexte scientifique Le recrutement se fera dans le cadre du projet AntiSelfish (LABEX ECOFECT, Université de Lyon)  qui vise à comprendre et modéliser l'apparition et la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques dans les populations bactériennes de la flore intestinale d'humains et d'animaux soumis à un traitement antibiotique. L'objectif du recrutement est d'implémenter puis de mettre en œuvre sur des données animales une chaîne de traitement permettant de réaliser la suite des traitements permettant d'étudier la localisation chromosomique des îlots de résistance dans le métagénome, leur prévalence au sein des espèces majoritaires et la dynamique de l’insertion au cours du temps dans les populations du microbiote intestinal (avant, pendant et après une antibiothérapie longue). Les principales étapes du traitement sont : le nettoyage, l'assemblage, l'annotation taxonomique, l'annotation structurale, l'annotation fonctionnelle essentiellement concentrée sur les gènes et les mutations d'antibiorésistance (résistome) et sur les gènes du mobilome (éléments génétiques mobiles).Nous recherchons un ingénieur d'étude pour une durée d'environ 12 mois. La prise de fonction devra se faire à partir du 1er janvier 2019 au plus tard. 

Formations et compétences attendues

Compétences recherchées Maîtrise du poste de travail sous Unix, Linux, Windows.Maîtrise des différentes méthodes et techniques utilisées en bioinformatique.   Maîtrise d’un ou plusieurs langages de programmation (Perl, Python, JAVA, C++, C) et d’un ou plusieurs outils de développement.Maîtrise de l'anglais technique du domaine. Expérience souhaitée dans l'utilisation d'un cluster de calcul.  Expérience souhaitée dans l'utilisation d'un gestionnaire de workflow  (snakemake ou nextFlow par exemple) Connaissances en administration système souhaitées.   Communication et goût du travail en équipe.Une précédente expérience en métagénomique serait un plus.

  Pour candidater merci d'envoyer une lettre de motivation et un CV à claire.hoede@inra.fr et christine.gaspin@inra.fr avant le 1er novembre 2018.

Contact

Nom
Claire Hoede / Christine Gaspin
Email
claire.hoede@inra.fr;christine.gaspin@inra.fr