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Bioinformaticien (h/f)
Référence
1533104711
Date limite pour postuler
05/11/2018
Date de publication
01/08/2018

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Mission temporaire
Durée du contrat
36 mois (1 an + 2 ans)
Date de début de contrat
01/01/2019

Domaine professionnel
Informatique, statistiques et calcul scientifique

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR1388 GenPhySE Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
Adresse de l'unité d'affectation
INRA Auzeville 24 chemin de Borde-Rouge - Auzeville CS 52627 31326 CASTANET-TOLOSAN CEDEX
Site web de l'unité d'affectation
http://genphyse.toulouse.inra.fr/; http://bioinfo.genotoul.fr/
Région de l'unite d'affectation
Occitanie

Descriptif

Environnement de travail

Description de l’unité et de l’équipe d’accueil:

La Plateforme GenoToul Bioinfo est une équipe de 8 permanents située sur le centre INRA de Castanet- Tolosan. Ses missions sont de mettre à disposition de la communauté scientifique une infrastructure dédiée et performante dans le domaine de la bioinformatique. La plateforme Genotoul Bioinfo contribue, en tant qu’infrastructure de recherche ouverte, à l’accompagnement des grands défis dans les domaines de l’alimentation, de l’agriculture et de l’environnement inscrits au document d’orientation 2025 de l'INRA.
Le laboratoire de recherche GenPhySE vise à omprendre la génétique et les processus physiologiques sousjacents aux phénotypes des animaux d’élevage, y compris lorsqu'il s'agit de tenir compte des animaux dans leurs systèmes de production. Nos activités principales se concentrent autour de l’amélioration des connaissances de la structure et de l'organisation fonctionnelle des génomes, sur l’exploration de la
variabilité génétique des caractères complexes chez les animaux d'élevage, sur la compréhension des mécanismes biologiques qui sous-tendent l'élaboration des phénotypes, sur l’accroissement du gain
génétique grâce à la sélection génomique et à la conception de nouveaux programmes de sélection, sur l’amélioration de notre compréhension des effets de l'environnement sur les phénotypes et sur la conception de systèmes de production animale plus durables.

Résumé des activités :

La connaissance des espèces peuplant les écosystèmes microbiens est largement basée sur le séquençage de l’ADN microbien. Dans ce cadre, deux types d’études sont conduites : celles préférant une approche ciblée avec un séquençage type amplicon d’un marqueur de biodiversité et celles ayant pour objectif le séquençage massif sans a priori de l’ensemble de l’ADN présent dans l’écosystème (métagénomique en shotgun). La qualité des séquences et la profondeur de séquençage sont des paramètres déterminants.
Toutefois, une amélioration majeure de ces techniques d’exploration des écosystèmes microbiens concerne l’augmentation de la taille des séquences produites. Celle-ci est actuellement limitée à 2 x 250 pb en « paireend» sur plateforme Illumina (MiSeq). Cette limitation de la taille réduit la possibilité d’affiliation taxonomique puisque seule une proportion de 500 pb du marqueur de biodiversité est utilisable. De même
en approche shotgun cette limite de taille est un des freins majeurs à l’amélioration de la qualité des assemblages. Le travail proposé sera conduit en deux phases. Dans un premier temps le candidat réalisera
une étude bioinformatique exploratoire qualitative et quantitative dont l’objectif sera d’améliorer les capacités d’affiliation taxonomique en approche ciblée basée sur l’augmentation de la taille des séquences des 500 pb actuelles vers les 10000 pb en utilisant le Gridion (ONT). Ces travaux permettront de guider le choix des régions cibles optimales pour l’affiliation taxonomique. Dans un deuxième temps, le candidat mettra en place les pipelines bioinformatiques permettant de réaliser des assemblages en approche shotgun selon plusieurs techniques de séquençage Hiseq, NovaSeq (Illumina) couplés ou pas avec le chromium (10X genomics), utilisation du Prométhion (ONT) ou de l’HiC pour améliorer les assemblages. La personne recrutée comparera la qualité des différents assemblages obtenus.

Thématique scientifique et domaine : Bioinformatique, biostatistique, écologie microbienne

Formations et compétences attendues

Critère d’éligibilité :
M2 ou école d’ingénieur en bioinformatique minimum

Compétences :

Maîtrise des différentes méthodes et techniques utilisées en bioinformatique.
Maîtrise d’un ou plusieurs langages de programmation (Perl, Python, JAVA, C++, C) et d’un ou plusieurs outils de développement.
Maîtrise de l'anglais technique du domaine.
Expérience souhaitée dans l'utilisation d'un cluster de calcul.
Communication et goût du travail en équipe.
Une précédente expérience en métagénomique serait un plus.

Les demandes doivent contenir les documents suivants :
Curriculum vitae
Lettre de motivations mentionnant la description de l'expérience passée et comment les projets du candidat sont en adéquation avec le poste proposé
Nom et coordonnées de 2 référents
Veuillez postuler jusqu'au 5 novembre 2018

Transmettre à Dr Géraldine PASCAL et Dr Claire HOEDE

Contact

Nom
Dr Géraldine PASCAL et Dr Claire HOEDE
Telephone
33 (0)5 61 28 51 05 / +33 (0)5 61 28 53 05
Email
geraldine.pascal@inra.fr;claire.hoede@inra.fr