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Stage Master ou équivalent - phénotypage par analyse d’image de la dynamique des surfaces aériennes chez le colza : effet de la variabilité génétique et de la disponibilité en azote
Référence
1517557327
Date limite pour postuler
30/03/2018
Date de publication
02/02/2018

Caractéristiques

Précision sur la nature du contrat
Stage
Durée du contrat
8 semaines - date de début de contrat : à déterminer avec l'étudiant
Date de début de contrat
16/04/2018

Domaine professionnel
Biologie

Affectation

Nom de l'unité d'affectation
UMR1402 ECOSYS Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes
Adresse de l'unité d'affectation
INRA Grignon 78850 THIVERVAL-GRIGNON
Site web de l'unité d'affectation
https://www.versailles-grignon.inra.fr/ecosys
Région de l'unite d'affectation
Ile-de-France

Descriptif

Environnement de travail

Dans le contexte du développement d’une agriculture durable, l’amélioration des capacités des plantes à utiliser efficacement l’azote du milieu devient un enjeu majeur. Ce challenge se pose particulièrement pour le colza qui est la principale culture oléagineuse en France mais aussi l’une des cultures les plus fertilisées. L’indice de surface foliaire (LAI) et la surface foliaire projetée sont des variables liées au rendement déterminant la conversion du rayonnement intercepté en biomasse. Elles sont rapidement impactées par une carence azotée, contrairement à l’élaboration de la biomasse, et constituent donc des indicateurs potentiels des situations de carence azotée. Les méthodes conventionnelles de mesure fine du LAI s’avèrent très laborieuses et destructives et ne donnent pas accès à la surface projetée. Le phénotypage de ces variables par analyse d’image permettrait de quantifier la dynamique des surfaces en fonction de la nutrition azotée et/ou du génotype. Cela pourrait permettre d’utiliser le LAI et/ou la surface projetée comme des indicateurs précoces des variables agronomiques utiles à la sélection variétale.

Le stage s’insère dans le projet RAPSODYN et s’appuie sur les données acquises permettant de caractériser le développement et la croissance des organes aériens de différents génotypes de colza conduits dans des conditions azotées contrastées. L’étudiant aura en charge le traitement et l’analyse d’image de la dynamique des surfaces aériennes. Pour cela, l’étudiant s’appuiera sur l’utilisation d’un outil d’analyse d’image récemment développé (IGEPP-RAPSODYN), qui permet de quantifier, à partir d’une image numérique, l’effet de la disponibilité en azote du milieu sur la surface des organes aériens à floraison. L’objectif du stage est de caractériser la dynamique de la surface foliaire projeté et ses composantes (feuilles, fleurs et siliques) sur tout le cycle de développement du colza sous différentes conditions de nutrition azotée et pour différents génotypes. Il sera ainsi possible d’évaluer l’effet de l’azote et de la diversité génétique sur la dynamique de mise en place des surfaces aériennes, et d’en évaluer les conséquences sur l’élaboration de la biomasse et du rendement.

Formations et compétences attendues

Stage master ou équivalent.

Connaissances en écophysiologie et/ou en biologie végétale.

Intérêt pour le traitement et l’analyse d’images (ImageJ).

Bases en statistiques et traitement de données (Excel et R).

Contact

Nom
Victor VAZQUEZ-CARRASQUER
Telephone
(+33)1.30.81.55.25
Email
victor.vazquez-carrasquer@inra.fr