Les « géants », explorateurs de mondes microbiens. © Inra

Les géants des micromondes

L'ADN des sols

Responsable de la plateforme Genosol, Samuel Mondy, ingénieur de recherche, se charge de conserver et d'analyser la diversité génétique des sols français. 

Par Sebastián Escalón
Mis à jour le 21/02/2017
Publié le 09/02/2017

Chaque centimètre cube de terre est habité par des millions de bactéries, champignons, virus et autres microbes. Ce foisonnement de vie, dont l'importance dans les grands processus écologiques peu à peu se dévoile, subit de nombreuses contraintes : agriculture intensive, pollution ou changement climatique. Face à ces changements rapides qu'ils provoquent, Samuel Mondy, 39 ans, est devenu, en quelque sorte, l'un des archivistes de cette biodiversité. Ce bioinformaticien est le responsable de Genosol, une plateforme qui conserve des milliers d'échantillons de sol français et qui analyse l'ensemble des génomes microbiens qu'ils contiennent.

Archiviste de la biodiversité du sol

Dès le début de son parcours universitaire, réalisé à l'Université Paris Sud, Samuel Mondy savait qu'il voulait devenir chercheur. Le monde à la fois mystérieux et familier des microbes l'attire tout  particulièrement. Sa thèse, qu'il défend en 2004, porte justement sur la symbiose entre les légumineuses et les bactéries qui fixent l'azote. Puis, en 2005, il entame un post-doctorat au centre de Cadarache (CEA) pour étudier la réponse des plantes face aux organismes pathogènes et à la toxicité des métaux lourds.
Il revient ensuite à l'Institut des sciences du végétal qui l'avait hébergé lors de son doctorat sur un projet d’étude de l’impact des OGM sur leur environnement. Au fil des ans, il abandonne peu à peu la paillasse pour se spécialiser en bioinformatique. Les puissants outils numériques lui permettent d'étudier, non plus quelques gènes et quelques mécanismes, mais des écosystèmes entiers. Samuel Mondy fait donc son entrée dans l'ère de la métagénomique: le séquençage et l'analyse de l'ensemble des génomes présents dans un milieu donné.

Génomes terrestres et génomes marins

En 2014, fort de cette expertise, il collabore pendant un an et demi au projet Tara Océans. Il développe de nouvelles méthodes pour identifier les organismes présents dans des échantillons d'eau de mer venus de tous les océans. Il se charge aussi de l'analyse des génomes issus de cellules uniques prélevées dans ces écosystèmes marins.

L'ère méta - génomique

En novembre 2015, il est recruté par l'Inra pour un poste d’ingénieur de recherche  au sein de l’unité mixte de recherche Agroécologie du centre Inra Dijon Bourgogne Franche-Comté. Sa mission : s'occuper des analyses bioinformatiques de GenoSol, plateforme créée en 2008, dont il prend rapidement la direction. GenoSol a trois missions principales. La première est de constituer un conservatoire des ressources génétiques des sols. Dans des congélateurs à -40 °C, la structure conserve déjà plus de 11 000 échantillons, et en reçoit chaque année de 1 à 2 000 supplémentaires. Mais pourquoi conserver ces échantillons ? « Cela nous permettra de faire des comparaisons dans le temps. Nous pourrons voir quelles sont les évolutions de ces écosystèmes en fonction des différentes pressions qu'ils subissent, et aussi de tester les modèles qui tentent de prédire cette évolution. Il se peut aussi que la technologie progresse, et que, dans le futur, on puisse tirer de ces échantillons de nouvelles informations», explique Samuel Mondy.

Autre mission de la plateforme : l’analyse de l'ADN des microbes présents dans les échantillons afin d’identifier et décrire les populations microbiennes. Ces analyses produisent de grandes quantités de données que GenoSol analyse et stocke. Ainsi, c'est toute une gamme de précieux services que la plateforme fournit aux chercheurs qui s'intéressent à l'écologie du sol et à ses interactions avec les plantes et l'atmosphère. Par exemple, en collaboration avec l'Institut d'écologie et des Sciences de l'environnement de Paris, Genosol a étudié la communauté microbienne des qui se développe sous les pelouses, tant dans les zones urbaines que rurales.

Les tâches sont multiples, mais n'empêchent pas Samuel Mondy de penser à de nouveaux projets comme par exemple de caractériser les capacités fonctionnelles des sols et de leur capacité à s’adapter à l’anthropisation de l’environnement.
Pour ce père de trois enfants, il ne reste que peu de temps libre pour s'adonner à la lecture de livres fantastiques dont il est féru, ou pour s'exercer au badminton.

Mini-CV

  • 1977 : Naissance à Clamart
  • 2004 : Doctorat ès Physiologie cellulaire et moléculaire végétale à l'Université Paris Sud
  • 2005 : Chercheur au CEA, Cadarache.
  • 2008 : Ingénieur de recherche CDD, CNRS, Institut des sciences du végétal
  • 2014 : Ingénieur de recherche au Génoscope, CEA, projet Tara Océans
  • 2015 : Recrutement en tant qu'ingénieur de recherche Bioinformaticien au sein de l'unité Agroécologie de l’Inra Dijon Bourgogne Franche-Comté - Responsable de la plateforme Genosol

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