Les « géants », explorateurs de mondes microbiens. © Inra

Les géants des micromondes

De la boîte de Petri aux séquenceurs haut débit

Joël Doré est directeur de recherche et directeur d'unité adjoint de la Très Grosse Unité Microbiologie de l'alimentation au service de la santé humaine. Il est également directeur scientifique de l’unité de service MetaGenoPolis. Avec son équipe, il explore les fonctions des micro-organismes intestinaux qui auraient des implications majeures en nutrition et en santé humaine.

Par Emmanuelle Manck et Cécile Poulain
Mis à jour le 17/08/2016
Publié le 25/11/2013

Des applications extraordinaires en santé humaine

Des micro-organismes qui peuplent notre intestin, la science n’en n’avait qu’une connaissance partielle il y a encore quelques années… Grâce au développement de la génomique haut débit, l’équipe de Joël a contribué à une réévaluation complète de ce fameux microbiote. « Autrefois, nous dépendions de notre aptitude à faire pousser des bactéries en laboratoire : comme la plupart de ces micro-organismes sont anaérobies et difficilement multipliables en laboratoire, moins de la moitié de l’écosystème bactérien qui peuple notre intestin était alors prise en compte », nous explique Joël Doré. « Maintenant, nous avons accès à toute l’information génétique (ADN ou ARN) issue des bactéries dans l’intestin, ce qui nous permet de décrire le microbiote de façon très fine et beaucoup plus complète ». Grâce à ces nouveaux moyens, l’équipe contribue à des découvertes surprenantes : même si l’on partage certaines bactéries, chaque individu a sa propre flore. « Alors qu’au niveau enzymatique, l’intestin travaille de manière assez comparable entre individus, il présente une diversité d’espèces totalement différente d’une personne à une autre », nous annonce le chercheur. « De plus, cette flore est assez stable au cours du temps et résiliente. Même après une prise d’antibiotiques, il semble qu’elle revienne à son profil initial. »

Du fondamental à ses applications sur la santé de l’homme

 La découverte progressive de ces bactéries et de leur fonctionnement amène Joël Doré à de nombreuses publications qui ouvrent sur des applications extraordinaires en santé humaine et en nutrition : "Hormis la prédisposition génétique, on sait qu’un facteur important de développement de grandes pathologies des sociétés modernes est la flore intestinale. On ne sait pas encore quels sont les agents bactériens responsables de l’entretien de ces pathologies chroniques, mais on cherche à déterminer si l’on peut éviter les interventions chirurgicales et leur substituer des traitements plus doux, comme des aliments fonctionnels qui permettraient de rallonger les périodes de rémission entre les crises ou de retarder l’évolution vers les situations les plus graves".

Une ouverture vers l’Europe pour des projets d’envergure

 Joël Doré débute à l’Inra en 1983 par un stage de DEA de Physiologie animale appliquée. Il est "emballé" : « Par la recherche et le raisonnement intellectuel qui l’accompagne, par une relative grande liberté d’esprit permise à l’Inra, et bien sûr par mon travail à ce moment-là ! Je comparais des souches bactériennes pathogènes d’origine humaine et animale ». Il passe alors un concours d’entrée à l’Inra, pour travailler sur l’écologie microbienne intestinale. Le jeune chercheur se voit proposer une thèse dans une université américaine. Il y passera quatre ans :  « revenu en France, j’ai pu construire mes projets de recherche de manière assez autonome avec des interfaces françaises et européennes en apportant des compétences que j’avais acquises aux États-Unis. J’avais aussi toute latitude pour voyager et pour concrétiser des contacts à l’étranger ». Depuis 1992, date à laquelle il dépose son premier projet européen, Joël Doré a développé son réseau international et a été impliqué dans différents projets d’envergure. « En terme de carrière, c’est intéressant : nous avons des réunions avec nos partenaires, nous confrontons nos travaux… Cela conduit à beaucoup d’échanges de savoir-faire ». Un positionnement pionnier dans le domaine de la métagénomique, très fortement relayé par l’Inra, s’est concrétisé par des projets Français et Européen de premier ordre et une contribution majeure à l’aventure internationale du séquençage du métagénome, ce deuxième génome humain.

De chercheur à manager…

Chercheur, conférencier, expert, auteur de publications scientifiques… Il accueille également chercheurs français et étrangers, forme des jeunes… Joël Doré dit, amusé, qu’il n’a « pas arrêté de changer de métier. Je suis entré à l’Inra comme chercheur, je faisais mes expériences moi-même. Aujourd’hui, j’ai plutôt un métier de manager : j’encadre et je pilote la recherche ». « Assurer la coordination des travaux d’un collectif de recherche est une mission difficile, à laquelle on est pas préparé sur le banc des écoles… » indique Joël Doré ; « mais c’est aussi l’activité la plus gratifiante qu’il m’ait été donné d’exercer ».

 Il devient en 2010 l’un des cinq directeurs adjoints de l’institut Micalis, unité mixte de recherche (UMR) associant l’Inra et AgroParisTech, dont l’objectif est le développement de recherches novatrices dans le champ de la « Microbiologie de l’Alimentation au service de la Santé ». Cet institut rassemble plus de 350 personnes dont 125 chercheurs, ingénieurs et enseignants-chercheurs et plus de 120 doctorants, post-doctorants et étudiants stagiaires et abrite 4 plateformes technologiques et un démonstrateur pré-industriel.

Joël Doré gère le pôle «  écosystèmes microbiens alimentaire et intestinal : interactions fonctionnelles aliments-microbiote-hôte ». Ses dix équipes de recherche  étudient le fonctionnement de l’écosystème microbien quand il est en contact avec l’aliment et décortiquent le dialogue entre microorganismes et cellules humaines. Leurs travaux explorent notamment le rôle du microbiote dans des pathologies chroniques graves. Depuis 2012, Joël Doré est directeur scientifique de MetaGenoPolis, un démonstrateur pré-industriel financé dans le cadre des investissements d’avenir. C’est une aventure fantastique qui nous pousse à dédier notre réflexion à toutes les applications possibles des résultats de l’exploration du métagénome, en relation étroite avec nos collègues cliniciens et des industriels français pour concrétiser le transfert d’innovations vers la société.

Et pour éviter le stress qui guette les managers, Joël Doré s’impose de souffler : "Comme je suis impliqué dans de multiples activités et que mes journées sont bien remplies, quand je ne suis pas en mission, je fais un vrai break le week-end, que je consacre à ma famille et à faire de l’escalade et de la course à pied."

Mini CV
  • né en août 1959
  • marié, 3 enfants
  • directeur de recherche
  • formation : DEA de physiologie animale appliquée, thèse au département des sciences animales à l’université de l’Illinois Urbana-Champaign aux États-Unis.