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Jérôme Bugeon, à la pêche aux outils innovants

A la fois biologiste et informaticien, Jérôme Bugeon est ingénieur de recherche dans le Laboratoire de physiologie et génomique des poissons à Rennes, centre Inra Bretagne-Normandie. Il a mis au point plusieurs dispositifs innovants de mesures de la qualité de la chair et des œufs de poissons.

Portrait Jérôme Bugeon
Portes ouvertes Inra © Agnès Girard
Par Pascale Mollier
Mis à jour le 18/06/2019
Publié le 09/04/2019

« J’ai la chance d’avoir un travail varié, alternant les mises au point méthodologiques, les mesures sur le terrain et le traitement des données au bureau ». Ingénieur dans l’Unité de physiologie et génomique des poissons du centre Inra de Rennes, Jérôme Bugeon se consacre plus particulièrement à la qualité de la chair des poissons. Et ce, depuis son stage de DEA en Productions animales option Biologie aquacole, réalisé en 1997 à l’Inra de Nantes. « L’aquaculture m’est apparue comme une filière d’avenir », se souvient-il…Une intuition confirmée par les faits, puisque désormais la moitié des poissons consommés dans le monde provient de l’aquaculture. La France est actuellement le quatrième producteur européen de truite Arc-en-ciel, l’espèce la plus élevée chez nous à la fois pour sa chair et pour ses œufs. Œuvrant pour les besoins de la recherche, mais aussi pour ceux des producteurs qui visent à sélectionner les meilleurs géniteurs, Jérôme a mis au point plusieurs méthodologies simples, rapides et économiques, pour mesurer la qualité de la chair et des œufs de poisson.

Concepteur d’appareils de mesure

Pour les poissons d’élevage, qualité des carcasses rime avec rendement en filet, mais les plus gros poissons ne donnent pas nécessairement les meilleurs rendements ! « Nous avons des indicateurs plus fins, comme par exemple l’épaisseur de la paroi abdominale et la profondeur de la cavité abdominale. Un poisson avec une paroi épaisse et une cavité abdominale peu profonde est susceptible de donner de plus gros filets. De même, nous avons remarqué qu’une forme allongée du poisson est plus favorable ». Ces indicateurs peuvent être mesurés par échographie en collaboration avec le SYSAAF (Syndicat des sélectionneurs avicoles et aquacoles français), mais Jérôme a développé également des outils simples, à base de photographies et de traitement d’images.

Il a également conçu un système d’acquisition en trois dimensions. Constitué d’un bras articulé couplé à un logiciel informatique, l’appareil enregistre les coordonnées dans l’espace de chaque point de l’objet et reconstitue l’image sur l’écran d’ordinateur. « Appliqué sur un poisson anesthésié, ce dispositif permet d’obtenir très rapidement et à moindre frais des mesures précises sur sa forme générale, son épaisseur ou la surface de la tête par exemple » précise Jérôme.

Troisième méthodologie développée par Jérôme : un appareil (1) qui permet d’évaluer différents critères de qualité des œufs de poisson : nombre, forme, surface, couleur. Alors qu’auparavant, il fallait compter manuellement les œufs, cet appareil permet non seulement de les compter automatiquement, mais encore de mesurer leur taille individuellement et d’avoir ainsi une évaluation de l’homogénéité de la ponte. « Je reçois beaucoup de sollicitations de la part de chercheurs et de professionnels pour utiliser cet appareil. Et pourtant, il n’est constitué que d’un simple appareil photo numérique et d’une tablette de rétroéclairage sur laquelle on pose la boîte de Pétri contenant les œufs, autant d’instruments que tout un chacun peut se procurer à coût réduit sur Internet ». Cette description modeste ne mentionne cependant pas tout le travail de développement du logiciel qu’il a fallu aussi mettre au point pour acquérir et traiter les données.

Une double formation en biologie et en informatique

Résultat de l’analyse d’une image d’œufs, chaque œuf est individualisé, identifié par une couleur et mesuré.. © Inra, Jérôme Bugeon
Résultat de l’analyse d’une image d’œufs, chaque œuf est individualisé, identifié par une couleur et mesuré. © Inra, Jérôme Bugeon

Après avoir effectué son DEA et sa thèse en Physiologie des poissons, et dès son recrutement à l’Inra en 2002, Jérôme a suivi plusieurs formations en traitement d’images. Devenu référent scientifique du plateau histologie de son unité, il forme maintenant de nombreux collègues ou professionnels au maniement des outils qu’il a développés.

Il est également impliqué dans un projet d’envergure international appelé ATOL (2), au sein duquel il est chargé de mettre en place un vocabulaire standardisé pour décrire la qualité de la viande, toutes espèces confondues. Concrètement, il s’agit de définir chaque caractéristique de la qualité de la viande, par exemple : la « fibrosité » ou la « tendreté », en incluant le protocole de mesure et toutes les informations utiles, et de lui attribuer un identifiant sous la forme d’un numéro, afin que cette caractéristique soit reconnue sans ambiguïté dans la bibliographie ou dans les bases de données. De fil en aiguille, ATOL ambitionne de répertorier et d’étiqueter toutes les données mesurables sur les animaux, depuis la production de viande, de lait, d’œufs, jusqu’à la santé, la reproduction ou le bien-être. « Ce projet procède de ce que l’on appelle le web sémantique, où chaque donnée est tracée, ce qui permet de trouver toutes les publications qui s’y rapportent, ou encore de l’identifier dans les bases de données, rendant ces dernières intelligibles et partageables », résume Jérôme.

Au service du bien commun

Que ce soit à l’échelle d’un projet comme ATOL ou à l’échelle de son équipe, l’utilité de son travail constitue une des motivations premières de Jérôme. Certains projets de recherche ne seraient tout simplement pas possibles sans son expertise. C’est par exemple le cas de cette thèse sur la différenciation des cellules musculaires qui nécessitait de compter les noyaux dans chaque cellule. Impossible sans le traitement d’images !

« Malgré la diversité de mes tâches et de mes projets, j’y vois de la cohérence : je mets au point des outils, je les utilise pour produire des données et je travaille au partage de ces données en participant au développement du web sémantique » conclut-il sobrement, avec le sens de la synthèse qui le caractérise.

 

(1) Outil VisEgg. Lire l’article.

(2) ATOL : Animal Trait Ontology for Livestock. Lire l’article.

Mini CV

46 ans, marié, deux enfants

Parcours

Formation

  • 1997-2001 : Doctorat en Biologie animale, Université de Rennes 1
  • 1997 : DEA Biologie et Productions animales option Biologie aquacole, Rennes
  • 1995: Maîtrise de Physiologie animale, Université de Nantes

Hobbies

  • Pêche en mer, vélo, course à pied