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Microbiote intestinal : la recherche pour la médecine de demain récompensée par la Fondation del Duca

Stanislav Dusko Ehrlich et Joël Doré, directeurs de recherche à l’Inra de Jouy-en-Josas, ont reçu le Prix Scientifique 2014 de la Fondation Simone et Cino del Duca pour leurs travaux sur le microbiote et la description du métagénome intestinal. 100 000 milliards de bactéries composent cet organe complexe encore inexploré. Interface clef entre aliments et corps humain, cet écosystème, avant tout protecteur, serait impliqué dans de nombreuses maladies métaboliques voire neurologiques. Une révolution pour la science et la médecine.

Stanislav Dusko Ehrlich et Joël Doré, directeurs de recherche à l’Inra de Jouy-en-Josas, ont reçu le Prix Scientifique 2014 de la Fondation Simone et Cino del Duca pour leurs travaux sur le microbiote et la description du métagénome intestinal. © Didier Plowy – Institut de France
Mis à jour le 04/07/2017
Publié le 04/06/2014

Créée en 1975 et abritée à l’Institut de France depuis 2005, la Fondation Simone et Cino del Duca-Institut de France œuvre, en France et à l’étranger, dans le domaine des arts, des lettres et des sciences, par le moyen de subventions, de prix et d’aides attribués sur proposition des Académies de l’Institut de France. Chaque année, elle décerne notamment trois Grands Prix : un Prix scientifique, un Prix mondial et un Prix d’archéologie. Destiné à récompenser et soutenir une équipe de chercheurs scientifiques français ou européens, le Prix scientifique, d’un montant de 275 000 euros, a cette année été remis à Stanislav Dusko Ehrlich et à Joël Doré au cours de la cérémonie tenue le 4 juin 2014 à l’Institut de France.

Une recherche de pointe en métagénomique

Le microbiote intestinal (ou flore intestinale) peut être considéré comme un véritable organe, composé de 10 fois plus de cellules que le reste de notre corps et pesant jusqu’à 2 kilos. Malgré son importance pour la santé et son influence dans certaines maladies, il est encore inexploré, faute de méthodes pour l’examiner en détail. Stanislav Dusko Ehrlich, à la tête du consortium européen MetaHIT a guidé le développement d’une approche, la métagénomique quantitative, qui permet de définir la composition du microbiote intestinal avec une précision inégalée.

La création d’un catalogue de profils métagénomiques caractérisant chaque individu, obtenu par décryptage séquentiel du microbiote intestinal, et la comparaison de ces profils ont permis de diagnostiquer certaines pathologies liées à l’obésité, mais aussi de détecter les risques de développer les maladies causées par des dérèglements métaboliques, comme le diabète, certaines complications hépatiques et cardiovasculaires. Les travaux conduits par Stanislav Dusko Ehrlich ont démontré qu’un individu sur quatre est exposé à un tel risque.

Les travaux actuels de Stanislav Dusko Ehrlich et Joël Doré visent à élargir l’éventail de ces découvertes et pourraient conduire vers la réorientation de la médecine d’une approche curative vers une approche préventive, avec un impact majeur sur le bien-être des patients et l’économie de la santé publique.

La métagénomique à la maternité

Stanislav Dusko Ehrlich et Joël Doré sont engagés avec des collègues cliniciens de l’Hôpital Pitié Salpêtrière, dans une étude de développement du microbiome chez le nouveau-né. Les travaux récents d’épidémiologie indiquent en effet une plus forte prévalence des allergies chez les enfants nés par césarienne. Leur microbiome dominant est dans le même temps moins divers que celui des enfants nés par voie basse, vraisemblablement par défaut de transmission du microbiome maternel que favorise la voie vaginale. Leurs travaux ont pour objectif de restaurer la richesse et la diversité du microbiome chez le nouveau-né, ce qui  pourrait conduire à une révolution de la médecine périnatale.

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En savoir plus

Joël Doré © Inra, Christophe Maître
© Inra, Christophe Maître
Joël Doré
Depuis son PhD à l’University of Illinois et son entrée à l’Inra dans les années 1980, Joël Doré consacre l’essentiel de ses travaux à la caractérisation des particularités du microbiote intestinal dans les maladies qui caractérisent les sociétés modernes aujourd’hui. Ces particularités constituent une source d’informations et d’outils diagnostiques utiles pour le milieu hospitalier, mais aussi la base de l’innovation vers la nutrition préventive de demain.
Il a porté avec S. Dusko Ehrlich le projet MetaGenoPolis dont il préside aujourd’hui le Comité Exécutif en tant que Directeur Scientifique.
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COLLOQUE  Métagénopolis à Jouy-en-Josas.
Dusko Ehrlich. © MAITRE Christophe
© MAITRE Christophe
Stanislav Dusko Ehrlich
Après un doctorat à l’Université Paris VII, S. Dusko Ehrlich effectue un séjour de recherche à Stanford comme associé du Prix Nobel Joshua Lederberg. Il rejoint l’Inra en 1986. Microbiologiste génomicien il a impulsé nombre de grands projets sur le microbiome, tel que le Human Microbiome Project du NIH et le projet européen MetaHIT, qu’il a coordonné. Son approche pluridisciplinaire ouverte aux compétences complémentaires lui a permis de créer une plateforme de travail rassemblant cliniciens, génomistes, microbiologistes, informaticiens et bio-analystes au sein du projet MetaHIT. Les résultats obtenus ont eu de grands impacts : décryptage du métagénome intestinal (notre « deuxième génome »), découverte des entérotypes (une classification des types de microbiotes) et mise au jour des risques accrus pour une large part de la population de développer des maladies chroniques.
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Raphaël Mercier et son équipe récompensés pour leurs travaux sur la méïsose, étape clé de la reproduction

Raphaël Mercier, directeur de recherche, responsable de l'équipe « Mécanismes de la méiose et apomixie » , UMR Institut Jean-Pierre Bourgin, Inra Versailles-Grignon. © Inra, Catherine Foucaud-Scheunemann
© Inra, Catherine Foucaud-Scheunemann
Chaque année, la Fondation Simone et Cino del Duca-Institut de France accorde également trois subventions dans le domaine scientifique, qui ont pour but d’encourager de jeunes équipes françaises.
Cette année, une subvention de 125 000 euros a été attribuée à Raphaël Mercier et son équipe « Mécanismes de la méiose et apomixie », au sein de l’unité mixte de recherche Institut Jean-Pierre Bourgin à l’Inra Versailles-Grignon. Ils consacrent leurs travaux à l’étude de la méiose chez la plante modèle Arabidopsis thaliana, type particulier de division cellulaire qui permet de générer des cellules sexuelles, les gamètes, chez tous les êtres vivants qui se reproduisent sexuellement (animaux, plantes, champignons).
Leur projet « DécoMéïo – Décoder la méïsose » vise à explorer plus avant les mécanismes fondamentaux de la méiose en mettant notamment en œuvre de nouvelles approches de génétique, afin d’identifier et de caractériser de nouveaux gènes, décrire leur interrelations au sein d’un réseau fonctionnel pour proposer peut-être au final un modèle mécanique du processus méiotique.
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